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Como encontrar uma sequência genética?

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Portanto, preciso aprender como encontrar a sequência de um gene, a polifenoloxidase. Por favor, não faça isso por mim. Diga-me como abordar o problema.

Encontrei: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene e pesquisei polifenoloxidase e recebo uma lista de resultados.

Aqui está uma página PPO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/107923401 Há uma sequência FASTA em "NC_030099.1 Reference ASM98774v1 Primary Assembly", mas não tenho certeza se o gene PPO está lá.


Você pode encontrar a sequência no banco de dados de genes, mas talvez seja mais fácil pesquisar no banco de dados de nucleotídeos se você estiver procurando apenas a sequência de nucleotídeos.


Como identificar uma sequência desconhecida? - Sem identidade BLAST & # 33 e # 33 (05/11/2008)

Eu obtive uma sequência de cDNA (várias na verdade) após a exibição diferencial rt-pcr. Eu purifiquei e clonei em plasmídeos TA, em seguida, sequenciei. Quando eu BLASTn com qualquer banco de dados existente sobre C. albicans nenhuma similaridade significativa pode ser encontrada para qualquer gene, na verdade, nenhuma identidade de C. albicans & # 33 O resultado do BLASTn deu baixa identidade máxima para outros organismos. Até o BLASTx.

Isso significa que meu cDNA não é de C albicans? (Mas o genoma BLAST deu sequência shotgun do genoma inteiro para alguns dos meus cDNAs não identificados) .I & # 39ll projetar primers com base na minha sequência de cDNA e amplificar o DNA total e a sequência e ver o que obtenho, mas se houver realmente nenhuma identidade BLAST é é um novo gene?

Desde que o genoma de C. albicans foi sequenciado, é mesmo possível que isso aconteça? Meu cDNA encontrou algo significativo? O que posso fazer a seguir? Usar o cDNA como sonda marcada para a biblioteca do genoma CA?

Muito obrigado,
Chris com dor de cabeça

Se o BLAST não retornar uma ocorrência, provavelmente ela não está no banco de dados. Isso não significa que seu cDNA não seja de C albicans.

Pode ser um novo gene (mas, novamente, outros laboratórios podem estar trabalhando nisso também e decidiram não enviar nem publicar suas descobertas)

Como sugerido, você pode fazer análises Southern em DNA genômico isolado de CA para confirmar. A seguir, com a sequência, você pode tentar executar o teste in silico para adivinhar qual é o seu cDNA, por exemplo, quaisquer motivos, domínios, etc. que sejam semelhantes a proteínas conhecidas. Esse é o mais barato e fácil que você pode fazer. Se sua sequência for muito curta, considere obter o comprimento total.

Quanta sequência você tem? Se for uma sequência muito curta, pode não haver acertos que atinjam significância matemática e, portanto, nenhum será retornado. O que aconteceria se você apenas explodisse contra todo o banco de dados do GenBank?

Meu cDNA tem cerca de 400 bp de comprimento. Isso é considerado muito curto, eu acho que é muito bom em comparação com meus outros produtos de cDNA da DDRT-PCR (apenas 100-300bp).

Homebrew, quando eu BLASTn com todo o banco de dados GenBank, ele me retornou com correspondências de baixa identidade (& lt50%) para alguns organismos não relacionados, como camundongos, etc. O mesmo com BLASTx.

Há uma coisa que não entendo muito bem. Se todo o genoma foi sequenciado e inserido no banco de dados, como é que não consegui obter uma correspondência de identidade no BLASTn? Eu tenho algumas sequências que são ORFs que codificam para proteínas hipotéticas. Isso eu entendo porque a função do gene ainda não é conhecida.

Amante do MSG, qual programa in silico você recomendaria? Não temos experiência com essa linha de bioinformática.

Você pode tentar o Expasy (http://www.expasy.ch/tools/) e, a partir daí, decidir o que deseja saber sobre sua sequência. Você também pode navegar no site da C albicans e obter as ferramentas de análise lá (http://www.candidagenome.org/), você explodiu de lá? Não tenho certeza de como sincronizar o banco de dados com o NCBI & # 39s, mas vale a pena tentar o BLAST (http://www.candidagenome.org/cgi-bin/compute/blast-sgd.pl).

Como é o rastreamento de sequenciamento? As intensidades do sinal são adequadas? Você pode ter um artefato de sequenciamento, como uma sequência mista, uma sequência n-1, etc. (veja exemplos de sequências de artefatos aqui).

Também estou trabalhando em display diferencial. Mas comecei recentemente. qual kit vc usou para exibição diferencial.

Também estou trabalhando em display diferencial. Mas comecei recentemente. qual kit você usou para exibição diferencial.

Usei o kit GeneHunter. Boa sorte para você.

MSG e Homebrew, vou verificar meus dados de sequenciamento e verificar as ferramentas de bioinfo no site da CGD primeiro. Muito obrigado pessoal

Por favor, consulte minha primeira postagem neste tópico, então eu verifiquei a sequência DDRT original, ela está limpa e boa. De qualquer forma, projetei primers com base nessa sequência, amplifiquei o DNA de C albicans, clonou no vetor pGEM-T e sequenciei isso. A sequência do produto DDRT e do fragmento clonado é a mesma, então sei que meu fragmento desconhecido realmente faz parte do genoma de C albicans. No entanto, quando eu BLAST ambas as sequências contra NCBI, Candida Genome Database e Candida DB, qualquer semelhança de sequência com qualquer gene CA não foi boa. Então, amplifiquei o DNA com os primers que projetei e usei-os como uma sonda na hibridização de colônias para a biblioteca genômica de CA. I marcado por PCR com biotina. Um plasmídeo de colônia positiva que sequenciei (tamanho & gt4kb) também não deu semelhança satisfatória com os bancos de dados acima.

Gostaria de saber se tudo isso que fiz aponta para um gene não caracterizado do CA? Quando eu BLAST com o banco de dados supercontig do Candida Genome Database, uma boa semelhança apareceu, então posso dizer que meu fragmento é realmente um gene desconhecido de CA?

Como ficaria se você o BLAST contra todo o banco de dados do genbank? Não precisa ser necessariamente um gene "desconhecido", mas talvez seja um gene adquirido externamente (como um gene viral, ou um trnasposon, ou um plasmídeo integrado) ou que resida em uma área que varia entre as cepas (como genes de polissacarídeo de cápsula fazer em bactérias).


Genes

4.2.3.2.1.4 CAAT Box

Outro elemento regulador da transcrição digno de menção é a caixa CAAT. Possui a sequência consenso de GG (T / C)CAATCT e podem ser encontrados

75 pares de bases a montante do local de início da transcrição. Lembre-se de que a caixa CAAT, as caixas GC e até mesmo a caixa TATA são elementos promotores são sequências que foram encontradas em vários promotores. Outras sequências de consenso comuns que são encontradas na vizinhança do local de início da transcrição são mostradas na Tabela 4.3.

Tabela 4.3. As sequências de consenso de vários elementos reguladores da transcrição

ElementoSequência de consensoProteína Binds
TATA boxT A T A (A / T) A (A / T) (A / G)Proteína de ligação a TATA (TBP)
Caixa GCG G G C G GTransativador SP1 Sp1
Caixa CAATG G (T / C) C A A T C TProteína de ligação ao intensificador de CAAT (C / EBP)
BRE(G / C) (G / C) (G / A) C G C CFator de transcrição IIB (TFIIB)
DPE(A / G) G (A / T) C G T GFator de transcrição IID (TFIID)
EM R(C / T) (C / T) A N (T / A) (C / T) (C / T)Fator de transcrição IID (TFIID)

A caixa TATA é um elemento promotor. Alguns dirão que há apenas um promotor, que contém a caixa TATÁ, e qualquer outra coisa que atue como um promotor deve ser denominado um elemento promotor-proximal. Independentemente da semântica, é geralmente aceito que os promotores estão sempre a montante do local de início da transcrição, eles ocorrem dentro de 200 pares de bases deste início e devem aparecer na orientação correta. Além disso, se ocorrerem dentro de 50 pares de bases do local de início da transcrição, sua localização é fixa. (Como acontece com a maioria das regras, há exceções.)


Como o Terminator Gene funciona? | Genética

A chave para a eficácia da tecnologia terminator é a capacidade de produzir toxinas abundantes confinadas às sementes e matar o embrião nos últimos estágios de desenvolvimento. Para conseguir isso, a estratégia para selecionar o promotor do gene normalmente ativado no final do desenvolvimento da semente. Esse promotor é fundido com a sequência codificadora de uma proteína que matará um embrião nos últimos estágios de desenvolvimento.

O promotor selecionado para este trabalho é de um gene LEA (Late Embryogenesis Abundant) do algodão. Sua proteína não será produzida até que a semente esteja em tamanho natural, acumule seu óleo de armazenamento e proteína e esteja secando em preparação para o período de dormência entre a saída dos pais e a germinação no solo.

A toxina utilizada neste processo é uma Proteína Inibidora de Ribossomo (RIP) da planta Saponaria officinalis. Esta proteína em grandes quantidades pode inibir a síntese de todas as proteínas. No entanto, o RIP não é tóxico para outros organismos além das plantas.

A patente terminator exibe uma nova estratégia para impedir que o gene da toxina seja ativo até que os agricultores semeiem as sementes. O truque é realizado inserindo um pedaço de DNA (DNA tampão) entre a semente. O promotor específico e a sequência codificadora da toxina que o bloqueia da produção de proteína. Em ambas as extremidades do DNA de bloqueio estão inserções de pedaços especiais de DNA que podem ser reconhecidos por uma enzima conhecida como recombinase.

Esses pedaços de DNA são cortados rapidamente pela recombinase e as extremidades cortadas do DNA se fundem, conseqüentemente e o DNA bloqueador é removido. Várias recombinases específicas de sequência são o sistema cre-lox do bacteriófago e o sistema flp-frt da levedura. No sistema cre-lox, a recombinase codificada pelo fago, CRE reconhece a sequência de DNA LOX e, finalmente, é excisada.

Como resultado, o promotor específico da semente vem logo ao lado da sequência de codificação da toxina e é capaz de produzir toxina. Mas isso não acontece imediatamente. Porque a produção de toxina ocorre apenas no final da próxima rodada de desenvolvimento da semente, quando o promotor LEA está ativo.

Depois que a enzima recombinase faz seu trabalho, a planta cresce normalmente passa por todos os estágios de crescimento, ou seja, formação de flor, polinização e a maior parte do desenvolvimento da semente. Em seguida, as sementes morrem para a produção da proteína toxina.

Quando tudo isso é realizado, resta a dúvida: como cultivar várias gerações de plantas geneticamente modificadas e como a empresa pode guardar as sementes por várias gerações para que suas sementes possam ser coletadas em cada estação e vendidas ao agricultor.

De acordo com a estratégia do terminador-chave da empresa, ele evita deliberadamente a ação da recombinase até pouco antes de os agricultores plantarem suas sementes. Para conseguir isso, a sequência de codificação da recombinase é colocada ao lado de um promotor que está sempre ativo em todas as células, em todos os momentos o promotor da recombinase é sempre reprimido. A regulação de genes reprimidos ou deprimidos pode ser realizada por um tratamento químico como a tetraciclina.

Um gene para a produção da proteína repressora o tempo todo é introduzido na planta. Uma vez que a proteína repressora é produzida, liga-se especificamente ao promotor da recombinase e bloqueia a produção da recombinase e, conseqüentemente, o gene da toxina também bloquearia. Portanto, nenhuma toxina seria produzida, mesmo durante o desenvolvimento da semente, onde o promotor LEA normalmente estaria ativo (Fig. 20.9).

Para ativar o gene da toxina, as sementes são tratadas com tetraciclina antes de serem vendidas aos agricultores. A tetraciclina atua como indutora, interagiria com a proteína repressora e facilitaria a expressão do gene da recombinase.

Uma vez que a enzima recombinase é feita, que reconhece e sintoniza a sequência de DNA (sequência excisante) inserida em ambos os lados do espaçador ou corte da sequência de bloqueio e os remove completamente ao longo da sequência de bloqueio que então flanqueia o gene da toxina agora vem próximo ao promotor LEA e agora ser capaz de produzir a toxina, mas não o faria de fato porque o estágio de atividade do promotor LEA já havia passado quando o tratamento com tetraciclina foi administrado.

Portanto, apenas a próxima geração seria morta quando a planta transgênica fosse armada com o gene terminator. Três componentes genéticos modificados são introduzidos e introduzidos no DNA da planta.

O processo geral é resumido nas seguintes etapas:

(1) Uma toxina ou gene killer (RIP) controlado pelo promotor específico da semente (LEA).

(2) Um gene repressor controlado por um promotor constitutivo.

(3) Um gene recombinase controlado por um promotor - reprimido pela proteína repressora, que pode ser deprimido pela tetraciclina.


Nomeie esse gene

Objetivo: Nesta atividade, você usará o site do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia para identificar uma sequência de bases de uma amostra de DNA.

Antecedentes: O NCBI contém um banco de dados de genes sequenciados e identificados. O trabalho de vários cientistas e de uma ampla variedade de áreas permite que as informações sejam compiladas neste banco de dados. A ferramenta utilizada nesta atividade é o BLAST - Basic Logical Alignment Search Tool, que permite ao usuário enviar uma sequência de bases de DNA (A, T, G, C) para o motor de busca, o BLAST irá pesquisar na base de dados e encontrar o gene ( se houver) associado a essa sequência. Além disso, o usuário pode acessar informações sobre o gene ou a doença que ele causa.

Instruções

Você receberá sequências de nucleotídeos encontradas no DNA humano real que está associado a uma doença genética quando sofre mutação. Seu trabalho é comparar as sequências que você recebe com a sequência de nucleotídeos dos genes mais conhecidos, usando a ferramenta BLAST para pesquisar bancos de dados genéticos. Mantenha esta janela aberta enquanto realiza seus testes, isso tornará mais fácil copiar e colar sequências de genes.

1. Vá para a página inicial do NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov)
2. Clique na palavra & quotBLAST & quot localizada em & quotpopular resources & quot
3. Clique em & quotNucleotide BLAST & quot
4, copie e cole uma das sequências de nucleotídeos abaixo na caixa superior. Basicamente, o programa percorrerá todas as sequências conhecidas e encontrará uma correspondência. Dependendo da ocupação do servidor, isso pode demorar um pouco.
5. A correspondência mais próxima será mostrada com uma breve descrição, para obter mais informações sobre a sua sequência, clique no link GENE. Isso lhe dará a descrição do gene que correspondeu à sua sequência.

Análise: Em uma página separada (ou digitada e impressa), identifique cada um dos genes associados às sequências abaixo. Escreva um breve resumo que descreva o gene e sua importância para os estudos humanos e biológicos.

ATG GCG GGT CTG ACG GCG GCG GCC CCG CGG CCC GGA GTC CTC CTC CTC CTG CTG TCC ATC CTC CAC
CCC TCT CGG CCT GGA GGG GTC CCT GGG GCC ATT CCT GGT GGA GTT CCT GGA GGA GTC TT

ATG CTC ACA TTC ATG GCC TCT GAC AGC GAG GAA GAA GTG TGT GAT GAG CGG ACG TCC CTA ATG TCG
GCC GAG AGC CCC AGC CCG CGC TCC TGC CAG GAG GGC AGG CAG GGC CCA GAG GAT GGA G

ATG TTT TAT ACA GGT GTA GCC TGT AAG AGA TGA AGC CTG GTA TTT ATA GAA ATT GAC TTA TTT TAT
TCT CAT ATT TAC ATG TGC ATA ATT TTC CAT ATG CCA GAA AAG TTG AAT AGT ATC AGA TTC CAA ATC T

ATG CGT CGA GGG CGT CTG CTG GAG ATC GCC CTG GGA TTT ACC GTG CTT TTA GCG TCC TAC ACG AGC
CAT GGG GCG GAC GCC AAT TTG GAG GCT GGG AAC GTG AAG GAA ACC AGA GCC AGT CGG GCC

ATG CCG CCC AAA ACC CCC CGA AAA ACG GCC GCC ACC GCC GCC GCT GCC GCC GCG GAA CCC GGC ACC
GCC GCC GCC GCC CCC TCC TGA GGG ACC CAG AGC AGG ACA GCG GCC CGG AGG AC

ATG TTG TGCAAT ATC CAT CTA CTG TAG TTA AGA TAT TCA GTA GTT TGT TTT TCA TAA GCA TGT AAT
TGA TCA TAT TTC TGC CAA GGA TGT GCC TTC AAC TTT ATA ATT ATA GTG TTG TAA AAT ATT TTT GTC TG

ATG CCA TCT TCC TTG ATG TTG GAG GTA CCT GCT CTG GCA GAT TTC AAC CGG GCT TGG ACA GAA
CTT ACC GAC TGG CTT TCT CTG CTT GAT CAA GTT ATA AAA TCA CAG AGG GTG ATG GTG GGT GAC CTT

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Métodos para detectar interações proteína-DNA

O método de imunoprecipitação da cromatina (ChIP) pode ser usado para monitorar a regulação da transcrição por meio da modificação da histona (epigenética) ou das interações de ligação do fator de transcrição-DNA. O método de ensaio ChIP permite a análise das interações DNA-proteína em células vivas, tratando as células com formaldeído ou outros reagentes de reticulação, a fim de estabilizar as interações para purificação e detecção downstream. A realização de ensaios ChIP requer o conhecimento da proteína alvo e da sequência de DNA que será analisada, pois os pesquisadores devem fornecer um anticorpo contra a proteína de interesse e primers de PCR para a sequência de DNA de interesse. O anticorpo é usado para precipitar seletivamente o complexo proteína-DNA dos outros fragmentos de DNA genômico e complexos proteína-DNA. Os primers de PCR permitem a amplificação e detecção específicas da sequência de DNA alvo. A técnica de PCR quantitativa (qPCR) permite que a quantidade de sequência de DNA alvo seja quantificada. O ensaio ChIP é compatível com formatos baseados em array (ChIP-on-chip) ou sequenciamento direto do DNA capturado pela proteína imunoprecipitada (ChIP-seq).

  • capturar um instantâneo de proteína-DNA específica
    interações à medida que ocorrem nas células vivas
  • quantitativo quando combinado com análise qPCR
  • capacidade de criar o perfil de um promotor para diferentes proteínas
  • o pesquisador precisa obter anticorpos de grau ChIP
  • requer a concepção de primers específicos
  • difícil de se adaptar para triagem de alto rendimento

Um guia passo a passo para ensaios de imunoprecipitação da cromatina (ChIP) bem-sucedidos

Esta visão geral atualizada do procedimento ChIP inclui detalhes adicionais sobre a seleção de anticorpos primários (ou seja, anticorpos validados por ChIP). A nota de aplicação também descreve e fornece exemplos de imunoprecipitação da cromatina (ChIP) como uma técnica para estudar epigenética, uma vez que permite aos pesquisadores capturar um instantâneo de interações específicas de proteína-DNA.

Nosso manual técnico de interação de proteínas de 72 páginas fornece protocolos e informações técnicas e de produtos para ajudar a maximizar os resultados dos estudos de interação de proteínas. O manual fornece antecedentes, dicas úteis e conselhos de solução de problemas para ensaios de imunoprecipitação e co-imunoprecipitação, ensaios pull-down, far-western blotting e crosslinking. O manual também apresenta uma seção expandida sobre métodos para estudar interações proteína-ácido nucleico, incluindo ChIP, EMSA e RNA EMSA. O manual é um recurso essencial para qualquer laboratório que esteja estudando interações de proteínas.

O conteúdo inclui: Introdução às interações de proteínas, Ensaios de co-imunoprecipitação, Ensaios de pull-down, Far-western blotting, Mapeamento de interação de proteína, Ensaios repórter de dois híbridos de levedura, Ensaios de mudança de mobilidade eletroforética [EMSA], Ensaios de imunoprecipitação de cromatina (ChIP), Proteína –Conjugados de ácido nucléico e muito mais.

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O ensaio de mudança de mobilidade por eletroforese de DNA (EMSA) é usado para estudar a ligação de proteínas a sondas de oligonucleotídeos de DNA conhecidas e pode ser usado para avaliar o grau de afinidade ou especificidade da interação. A técnica é baseada na observação de que os complexos de proteína-DNA migram mais lentamente do que as moléculas de DNA livres quando submetidos a poliacrilamida não desnaturante ou eletroforese em gel de agarose. Uma vez que a taxa de migração do DNA é alterada ou retardada após a ligação da proteína, o ensaio também é referido como um deslocamento do gel ou ensaio de retardamento do gel. Adicionar um anticorpo específico de proteína aos componentes de ligação cria um complexo ainda maior (anticorpo-proteína-DNA), que migra ainda mais lentamente durante a eletroforese. Isso é conhecido como “supershift” e pode ser usado para confirmar identidades de proteínas. Até a concepção do EMSA, as interações proteína-DNA foram estudadas principalmente por ensaios de ligação de filtro de nitrocelulose usando sondas marcadas radioativamente.

  • detectar proteínas de ligação a DNA de baixa abundância a partir de lisados
  • testar mutações no local de ligação usando muitas configurações de sonda com o mesmo lisado
  • teste de afinidade de ligação por meio de análise mutacional de sonda de DNA
  • EMSA não radioativo possível usando sondas de DNA biotiniladas ou marcadas com fluorescência
  • analisar interações proteína-DNA in vitro
  • difícil de quantificar
  • precisa realizar o ensaio supershift com anticorpo para ter certeza da identidade da proteína em um complexo

Tradicionalmente, as sondas de DNA têm sido radiomarcadas com ³²P incorporando um [γ-³²P] dNTP durante uma reação de preenchimento 3 'usando fragmento Klenow ou por marcação de extremidade 5' usando [γ-³²P] ATP e T4 polinucleotídeo quinase. Após a eletroforese, o gel é exposto a um filme de raios-X para documentar os resultados. O Kit Thermo Scientific LightShift Chemiluminescent EMSA é um ensaio não radioativo que oferece desempenho robusto e sensível. O kit inclui reagentes para configurar e personalizar reações de ligação de DNA, um conjunto de controle de DNA e extrato de proteína para testar o sistema do kit, conjugado estreptavidina-HRP estabilizado para sondar o DNA alvo marcado com biotina e um módulo de substrato quimioluminescente excepcionalmente sensível para detecção.

EMSA quimioluminescente de quatro diferentes complexos DNA-proteína. Os duplexes alvo marcados com biotina variaram em tamanho de 21–25 bp. Os fatores de transcrição Oct-1, AP1 e NF-κB foram derivados do extrato nuclear HeLa. O extrato EBNA-1 é fornecido como um controle no Kit LightShift Chemiluminescent EMSA. As sequências competidoras específicas não marcadas (quando usadas) estavam presentes em um excesso molar de 200 vezes sobre o alvo marcado. Os tempos de exposição do filme de raios-X para cada sistema variaram de 2 minutos para EBNA, Oct-1 e AP1, e 5 minutos para NF-κB.


Freeware de Biologia Molecular para Windows

Um bom lugar para começar é Genamics SoftwareSeek. Os sites a seguir estão organizados na ordem em que os descobri. Em algum ponto, eles serão agrupados por poreferência:

Análise de DNA, RNA e genômica:

Gegenees é um projeto de software para análise comparativa de todos os dados da sequência do genoma e outros dados da sequência da próxima geração (NGS). O software pode, por exemplo, compare um grande número de genomas microbianos, forneça visões gerais filogenômicas e defina assinaturas genômicas exclusivas para grupos-alvo específicos. Tenho usado este software que permite comparações BLASTN e TBLASTX em sequências de fago para definir relações (Referência: Agren J et al. 2012. PLoS One. 7:e39107)

MyRAST - agora é possível obter uma anotação bastante precisa de um genoma procariótico em cerca de um dia usando este pacote de software. A versão mais recente do software para Windows ou Mac pode ser baixada aqui. Você deve verificar a página de ajuda - Anotando um Genoma Usando myRAST e Distribuição dos pacotes do servidor SEED

Tablet - Visualização de Montagem de Sequência de Próxima Geração - é um visualizador gráfico leve e de alto desempenho para montagens e alinhamentos de sequência de próxima geração. Suporte ao formato de arquivo para ACE, AFG, MAQ, SOAP2, SAM e BAM. Importe recursos do GFF3 e encontre / realce / exiba-os rapidamente. Pesquise e localize leituras por nome em conjuntos de dados inteiros. Visões gerais de todo o contig, mostrando o layout dos dados ou informações de cobertura.

O BlastStation-Free suporta pesquisas megablast, blastn, blastp e blastx, permitindo a criação fácil de banco de dados a partir de seu arquivo FASTA ou FASTQ, que pode ser compactado em formato .gz, .Z ou .zip. Uma exibição gráfica dos resultados da pesquisa e uma exibição da tabela de resumo dos resultados da pesquisa. Este último pode ser exportado no formato CSV, enquanto as sequências de acertos podem ser exportadas no formato FASTA. Também disponível para download em formato Mac ou PC.

Gene Designer- uma ferramenta de software brilhante que permite combinar blocos de construção, como elementos reguladores de DNA (promotores, sítios de ligação de ribossomo) com sequências de aminoácidos, tags de clivagem de afinidade e protease amp e recursos de clonagem e otimização de códons para qualquer hospedeiro de expressão.

CLC Free Workbench - permite a análise de sequência básica, como determinação de quadro de leitura aberta, análise de sítio de restrição, tradução de DNA / RNA para proteínas, alinhamentos e reconstrução de árvore em um formato de janela única.

EMBOSS (Europeia Molecular Biologia Ocaneta Source Software Suite) pode ser baixado aqui.

PHIRE - este programa em Visual Basic realiza uma pesquisa algorítmica baseada em string nas sequências do genoma do bacteriófago, descobrindo e extraindo blocos que exibem similaridade de sequência, correspondendo a elementos reguladores conservados contidos nesses genomas de forma sistemática, sem qualquer conhecimento prévio experimental ou preditivo. (Referência: Lavigne, R. et al. 2004. PHIRE, uma abordagem determinística para revelar elementos reguladores em genomas de bacteriófagos. Bioinformática 20: 629-635).

MB DNA Analysis (Oleg Simakov) - MB é um programa multifuncional gratuito de análise de DNA / proteína. Sua principal vantagem é que ele combina todos os recursos mais amplamente usados ​​necessários para uma análise molecular avançada de dados genômicos / proteômicos. As características do MB incluem um algoritmo de análise de restrição rápida (incluído desenho de plasmídeo / DNA linear), análise de promotor, cálculo de pesos moleculares e propriedades químicas de proteínas, predição de estruturas de proteínas secundárias (após Chou-Fasman). A análise de proteínas também inclui tradução de sequência e cálculo de tabela de uso de códons. Outros recursos: ferramenta de alinhamento de sequência múltipla hierárquica (com um recurso para comparar a estrutura secundária de proteínas), construção de árvore filogenética, plot plot, estimativa de ponto isoelétrico para proteínas, design de primer. Uma ferramenta para a análise estrutural de hélices alfa também está incluída no pacote principal.
GenePalette permite a visualização e navegação da sequência do genoma. Os usuários podem baixar do banco de dados NCBI & rsquos GenBank segmentos grandes ou pequenos da sequência do genoma de uma variedade de organismos preservando a anotação do gene que está associada a essa sequência. Os elementos da sequência de interesse (locais de ligação do fator de transcrição, etc. podem ser pesquisados ​​e identificados na sequência carregada e, em seguida, claramente visualizados dentro de uma representação gráfica colorida da organização do gene.

UGene (UniPro Bioinformatics Group, Rússia) - sem dúvida um dos melhores pacotes de software para anotação de genoma (Referência: Okonechnikov K et al. 2012. Bioinformática 28: 1166-1167).

Artemis: um visualizador de sequência de DNA e ferramenta de anotação (Sanger Center)

SEQtools é um pacote de programa para manipulação e análise de rotina de sequências de DNA e proteínas. O pacote inclui recursos gerais para edição de sequência e contig, mapeamento de enzimas de restrição, tradução e identificação de repetição. Grátis para estudantes

DNA Club - software de análise de DNA, os recursos incluem remover sequência de vetor, encontrar, encontrar ORF, edição de sequência, traduzir para sequência de proteína, edição de sequência de proteína, Mapa RE, Mapa RE com tradução, seleção de iniciador de PCR, avaliação de iniciador ou sonda, etc.

DNA para Windows é um programa de análise de DNA compacto e fácil de usar, ideal para projetos de sequenciamento em pequena escala.

RNAdraw - é um programa integrado para cálculo e análise de estrutura secundária de RNA por Ole Matzura e Anders Wennborg (1996) Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) 12: 247-249

RNAstructure - Predição e análise de estrutura secundária de RNA para Microsoft Windows. Este programa inclui um algoritmo de previsão de estrutura secundária, um editor de sequência, uma ferramenta de desenho integrada, o programa OligoWalk, OligoScreen, Dynalign e uma calculadora de função de partição. (Referência: 21: 2246 - 2253.)

O Chromas exibirá e imprimirá arquivos de cromatogramas de sequenciadores de DNA automatizados ABI e arquivos Staden SCF que os programas de análise para sequenciadores ALF, Li-Cor e Visible Genetics OpenGene podem criar. N.B. apenas as versões mais antigas do software são gratuitas.

FinchTV - Outra ferramenta útil para visualizar e editar eletroferogramas.

O ambiente de análise de genoma em linguagem G fornece uma variedade maior de ferramentas úteis de análise de genoma em comparação com a maioria dos pacotes de software de análise existentes e também é facilmente conectável. Todas as suas ferramentas são acessíveis como módulos Perl. Para começar, baixe os arquivos do genoma do GenBank no formato * .gbk (formato de arquivo simples do GenBank).


DNA Master - é "talvez o maior editor de sequência" do mundo & quot e pacote de análise. Encontre em & quotcomputador. & Quot

GeSTer (V. Nagaraja, Instituto Indiano de Ciência, Bangalore. Índia) - é extremamente útil na localização de estruturas de haste-laço, incluindo terminadores independentes de rho em genomas anotados. Uma vez que não funciona convenientemente no Windows XP, veja como você pode modificar o arquivo * .gbk para que funcione.

Pacote Staden - consiste em uma série de ferramentas para preparação de sequência de DNA (pregap4), montagem (gap4), edição (gap4) e análise de sequência de DNA / proteína (spin). O pacote foi originalmente desenvolvido no MRC-LMB em Cambridge. Agora é open source (licença BSD) e está hospedado em sourceforge.net.

Seqool - software de análise de sequência projetado principalmente para pesquisar sinais biológicos em sequências de ácido nucléico. O pacote do programa de análise de sequência fornece vários modelos de reconhecimento de padrão, mas também inclui as estatísticas de análise de sequência mais comuns, como conteúdo GC, uso de códon, etc.

GENtle - pacote de software para edição de DNA e aminoácidos, gerenciamento de banco de dados, mapas de plasmídeo, restrição e ligação, alinhamentos, importação de dados de sequenciador, calculadoras, exibição de imagem em gel, PCR e muito mais.

RepeatAround - foi projetado para encontrar & ldquodirect repetições & rdquo, & ldquoinverted repeats & rdquo, & ldquomirror repeats & rdquo e & ldquocomplementary repeats & rdquo, de 3 bp a 64 bp de comprimento, em genomas circulares. Ele processa os arquivos de entrada extraídos diretamente do banco de dados do GenBank ou de uma sequência simples. As saídas podem ser obtidas em uma planilha contendo informações sobre o número e a localização das repetições. (Referência: Goios A et al. 2006. Mitocôndria 6: 218-224) .

ACUA (UMAutomado COdon vocêsábio UMAanálise Bioinsilico Technologies ) - é uma interface baseada em Visual Basic para a análise de códons Insilico. Esta ferramenta oferece vários recursos exclusivos, como análise de nucleotídeos e análise estatística de códons. A ferramenta realiza a análise de nucleotídeos para a (s) sequência (s) de consulta e apresenta os resultados em planilhas, que podem ser posteriormente utilizadas para análise estatística. Esta ferramenta provará ser altamente útil para os cientistas que desejam fazer análises de códons para sequências múltiplas simultaneamente.

SnapGene Viewer - inclui os mesmos recursos avançados de visualização, anotação e compartilhamento do software SnapGene totalmente habilitado. Estou muito impressionado com este freeware que me permitiu produzir este mapa a partir do arquivo gbk.

pLOT (Jean-Marc DeKeyser, Vanderbilt University, EUA)

O Editor de Plasmídeo ApE (M. Wayne Davis, Univ. Utah, EUA) destaca e desenha mapas gráficos usando anotações de recursos do GenBank e arquivos EMBL cria mapas gráficos de restrição - lineares ou circulares com recursos indicados e permite análises BLAST junto com uma série de outros úteis recursos.

Software de análise de DNA pDRAW32 por software AcaClone (Kjeld Olesen). pDRAW permite inserir um nome de DNA e coordenadas para elementos genéticos, como genes, a serem plotados em seus gráficos de DNA.

BVTech Plasmid - com este programa você pode desenhar um mapa de plasmídeo circular ou linear com fitas duplas ou simples. Você pode rotular o plasmídeo com genes e locais de restrição em diferentes cores, textos e estilos.

Programa de Desenho de Plasmídeo: Plasmidômica 0,2 (Robert Winkler, Cinvestav Unidad Irapuato, México)

Picky é um programa de design de microarray de oligo que identifica sondas que são muito exclusivas e específicas para sequências de entrada. Esses cálculos são baseados em parâmetros inseridos pelo usuário, incluindo comprimento ideal da sonda, porcentagem ideal de conteúdo de guanina e citosina, temperatura de fusão alvo, concentração de sal e o comprimento máximo ao qual uma sequência alvo corresponde a qualquer sequência não alvo. (Referência: H.-H. Chou et al. (2004) Bioinformatics 20: 2893-2902). Baixe os arquivos * .ffn do genoma do GenBank para usar com este programa. N.B. Infelizmente, esses arquivos não incluem os nomes dos genes, apenas suas coordenadas.

AiO (All in One) é um programa para Windows que combina características típicas de DNA / proteína, como desenho de mapa de plasmídeo, localização de ORFs, tradução, retrotradução, design de primer e clonagem virtual. AiO uses databases that allow the management of oligonucleotides, oligonucleotide-manufacturers, restriction enzymes, structural DNA and program users in a multi-user/multi-group environment. ( Reference: Karreman C. (2002) Bioinformatics. 18:884-885).

- Oligo Analyzer is a simple tool to determine primer properties like Tm, GC%, primer loops, primer dimers and primer-primer compatibility. All you have to do is to paste or type primer sequence and let Oligo Analyzer to calculate all important primer properties mentioned above. Readme

- Oligo Explorer is a tool to search primers and primer pairs. The program analyzes all important primer properties like Tm, GC%, primer loops, primer dimers and etc. Readme

AnnHyb This programs features include sequence editing with proofreading, format conversion, translation, sequence statistics, probe design & analysis.

- MeltCalc is the ultimate thermodynamic modelling spreadsheet for Excel&trade which allows you to analyze probes. See: Spreadsheet software for thermodynamic melting point prediction of oligonucleotide hybridization with and without mismatches ( Reference: Schütz, E., von Ahsen, N. (1999) BioTechniques 27:1218-1224).

ANTHEPROT (ANalyse THE PROTeins) is the result of biocomputing activity at the Institute of Biology and Chemistry of Proteins (Lyon, France)

STORM - this program extracts protein sequences after ORF prediction and subsequently performs an automatic analysis for each of the proteins. This analysis consists of web-based similarity searches (BLASTp and FASTA) as well as Pfam predictions and Protparam calculations of protein physicochemical properties. The raw output for these analyses is then analysed and summarized. ( Reference: Lavigne, R. et al. (2003.) Applied Bioinformatics 2: 177-179).

VESPA (Visual Evaluation and Statistics to Promote UMAnnotation) targeted at the integration of peptide-centric proteomics data with other forms of high-throughput, qualitative and quantitative data, such as data from Ref-SEQ analyses. At the core, VESPA integrates bottom-up proteomics data with genome level information, i.e., mapping peptides to their respective genome locations. This capability is a necessity in proteogenomics where scientists are correcting either mis-annotations or identifying new genes. The visualization allows the user to observe the location and sequence of peptides that do not match current annotations, as well as offering valuable filtering criteria such as the removal of ambiguous peptides.

Yasara (Gregor Högenauer, Günther Koraimann, & Andreas Kungl [Univ. Graz, Austria] & Gert Vriend [Univ. Nijmegen, the Netherlands]) is an awesome program for viewing an labeling 3-D structures. To visual your own pdb structure right click and chose open with (Yasara). This free program is part of a more extensive molecular modeling package.

RasMol is software for looking at molecular structures. It is very fast: rotating a protein or DNA molecule shows its 3D structure.

Deep View (Swiss-PdbViewer) is an application that provides a user friendly interface allowing to analyze several proteins at the same time. The proteins can be superimposed in order to deduce structural alignments and compare their active sites or any other relevant parts. Amino acid mutations, H-bonds, angles and distances between atoms are easy to obtain thanks to the intuitive graphic and menu interface

- Biodesigner is a molecular modeling and visualization program for personal computers which is capable of creating homologous models of proteins, evaluate, and refine the models.

RasTop - RasTop is a molecular visualization software adapted from the program RasMol by wrapping a user-friendly graphical interface around the "RasMol molecular engine". The software allows several molecules to be opened in the same window and several windows to be opened at the same time. Through an extended menu and a command panel, users can manipulate numerous molecules rapidly and learn about them. Work sessions are saved in script format and are fully regenerated with a simple mouse click.

ClustalX is a windows interface for the ClustalW multiple sequence alignment program. It provides an integrated environment for performing multiple sequence and profile alignments and analyzing the results. ( Reference: J.D. Thompson et al. (1997). Nucleic Acids Research 24: 4876-4882).

VennPlex - a program that illustrates the often diverse numerical interactions among multiple, high-complexity datasets, using up to four data sets. VennPlex includes versatile output features, where grouped data points in specific regions can be easily exported into a spreadsheet. This program is able to facilitate the analysis of two to four gene sets and their corresponding expression values in a user-friendly manner. ( Reference: Cai H et al. (2013) PLoS One 8(1): e53388).

BioEdit is a mouse-driven, easy-to-use sequence alignment editor and sequence analysis program designed and written by Tom Hall (North Carolina State University). It also provides BLAST capability on local databases.

CHROMA takes your aligned multiple sequence data, annotates residues according to a consensus and displays the alignment using different font formats (text and background colours, bold and italic). The formatted annotation can be sent directly into Microsoft Word, or saved to a file or Windows Clipboard in both HTML and "Rich Text" Formats. ( Reference: L. Goodstadt & C.P. Ponting. (2001) Bioinformatics 17: 845-846).

SeaView is a graphical multiple sequence alignment editor developed by Manolo Gouy. SeaView is able to read various alignment formats (MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE). It allows ones to manually edit the alignment, and also to run DOT-PLOT or CLUSTAL programs to locally improve the alignment.

Sequence Demarcation Tool (SDTv1.2) is a free and easy to use program that allows classification of virus sequences based on sequence pairwise identity. It takes as input a FASTA file of aligned or unaligned DNA or protein sequences and aligns every unique pair of sequences, calculates pairwise similarity scores, and displays a colour coded matrix of these scores. It also produces both a plot of these pairwise identity scores and text files containing analysis results. The identity scores are calculated as 1-(M/N) where M is the number of mismatching nucleotides and N the total number of positions along the alignment at which neither sequence has a gap character. ( Reference: Muhire BM et al. (2014) PLoS ONE 9(9): e108277).

HyPhy - intended to perform maximum likelihood analyses of genetic sequence data and equipped with tools to test various statistical hypotheses. HYPHY was designed with maximum flexibility in mind and to that end it incorporates a simple high level programming language which enables the user to tailor the analyses precisely to his or her needs. These include relative rate and ratio tests, several methods of ML based phylogeny reconstruction, bootstrapping, model selection, positive selection, molecular clock tests and many more ( Reference: S.L. Kosakovsky et al.(2005) Bioinformatics 21:676-679).

ChromaClade - is a convenient tool with a graphical user-interface that works in concert with popular tree viewers to produce colour-annotated phylogenies highlighting residues found in each taxon and at each site in a sequence alignment. Colouring branches according to residues found at descendent tips also quickly identifies lineage-specific residues and those internal branches where key substitutions have occurred. ( Reference: Monit C et al. (2019) BMC Evol Biol 19: 186).

TREECON - is a software package developed primarily for the construction and drawing of phylogenetic trees on the basis of evolutionary distances inferred from nucleic and amino acid sequences. It offers considerable opportunity to change the appearance of the tree. ( Reference: Van de Peer, Y. & De Wachter, Y. (1994) Comput. Applic. Biosci. 10, 569-570).

Treefinder (Gangolf Jobb, Statistical Genetics and Bioinformatics, University of Munich) computes phylogenetic trees from nucleotide sequences. Using the widely accepted Maximum Likelihood method, it is offering a variety of evolutionary models up to the general time reversible model with Gamma and codon position rate heterogeneity among sites. The confidence of inferred relationships may be assessed by bootstrap analysis or, alternatively, by a local rearrangement paired-sites method (LRP). Linus and Mac versions also available.

MEGA - an incredible phylogenetic analysis program. ( Reference: S. Kumar et al. (2001) Bioinformatics 17: 1244-1245)..

Tree-Puzzle (H.A. Schmidt, K. Strimmer, M. Vingron, & A. von Haeseler, Germany) constructs phylogenetic trees from molecular sequence data by maximum likelihood. It implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can be calculated under the clock- assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

PHYLIP (the PHYLogeny Inference Package) is a package of programs for inferring phylogenies. PHYLIP is the most widely-distributed phylogeny package, and competes with PAUP to be the one responsible for the largest number of published trees (Joe Felsenstein, University of Washington, U.S.A.).

MrBayes is a program for Bayesian inference of phylogeny using Markov Chain Monte Carlo methods. MrBayes has a console interface and uses a modified NEXUS format for data and batch files. It handles a wide range of probabilistic models for the evolution of nucleotide and amino acid sequences, restriction sites, and standard binary data. The user can set the priors used for the parameters and search for trees under topological constraints.

PAML is a program package for phylogenetic analyses of DNA or protein sequences using maximum likelihood. It is maintained and distributed for academic use free of charge by Ziheng Yang.

NJplot is a tree drawing program able to draw any binary tree expressed in the standard phylogenetic tree format (e.g., the format used by the PHYLIP package). NJplot is especially convenient for rooting the unrooted trees obtained from parsimony, distance or maximum likelihood tree-building methods. Written by Manolo Gouy.

Orthologous Average Nucleotide Identity Tool (OAT) - OAT uses OrthoANI to measure the overall similarity between two genome sequences. ANI and OrthoANI are comparable algorithms: they share the same species demarcation cut-off at 95

96% and large comparison studies have demonstrated both algorithms to produce near identical reciprocal similarities. Details of the OrthoANI algorithm is given in (Lee et al. 2015). OAT employs an easy-to-follow Graphical User Interface that allow researchers to calculate OrthoANI values between genomes of interest without unfamiliar Command Line Environments. ( Reference: Lee, I. et al. (2015). Int J Syst Evol Microbiol. 66: 1100-1103).

SeqVerter is a sequence file format conversion utility by GeneStudio, Inc.

DynaFit - Perform nonlinear least-squares regression on chemical or enzymatic kinetic data.

PrestoPlot - 2D plotting tool

Xenu's Link Sleuth (TM) is a spidering software that checks Web sites for broken links. Link verification is done on "normal" links, images, frames, plug-ins, backgrounds, local image maps, style sheets, scripts and java applets. It displays a continously updated list of URLs which you can sort by different criteria. I use this program to verify if the links on Online Analysis Tools are working.

Paint.NET is a photo and image editing tool designed for computers running Microsoft Windows XP or Windows 2000. It serves the digital imaging community as a free alternative to the standard paint application included with Windows. It brings powerful features to the desktop, a myriad of special effects, plug-in extensibility, and layer manipulation. It enhances the image editing experience for tablet owners with Windows XP Tablet Ink support. Digital photographers and artists can enhance their images with features and effects such as levels adjustment, cross-layer cloning, anti-aliased tools, motion blur, and red eye removal.

TinyQuant is a graphical display program designed for analysis and limited manipulation of images obtained by scanning of gels or autoradiographs. Useful for integrating densities of gel bands in 16 bit greyscale (PC or Mac format ".gel" or TIFF files) or 24 bit RGB TIFF images, and for converting these to 8 bit greyscale TIFFs.

A Smaller GIF - Pedagoguery Software Inc. provides a variety of free software packages for both Macintosh and Windows computers. This program reduces the size of animated GIFs without affecting their appearance in any way.

UTHSCSA ImageTool (Dental Diagnostic Science, University of Texas Health Science Center, San Antonio, U.S.A.) - can acquire, display, edit, analyze, process, compress, save and print gray scale and color images. IT can read and write over 22 common file formats including BMP, PCX, TIF, GIF and JPEG. Image analysis functions include dimensional (distance, angle, perimeter, area) and gray scale measurements (point, line and area histogram with statistics). ImageTool supports standard image processing functions such as contrast manipulation, sharpening, smoothing, edge detection, median filtering and spatial convolutions with user-defined convolution masks.

GIMP is the GNU Image Manipulation Program. It is a freely distributed piece of software for such tasks as photo retouching, image composition and image authoring. It works on many operating systems, in many languages. The GIMP animation package, is also now available

ACD/ChemSketch (Advanced Chemistry Development, Inc) - for drawing chemical structures and graphical images.


Storytime

Since your biologist friend knows you’ve been practising your coding skills, she comes to you and asks for help.

After many experiments of cutting portions of DNA out of the sample of the cell above and seeing the cell would replicate or not. She thinks she’s found the origin of replication.

To be sure, she wants to know how many times it occurs throughout the whole sequence and if it’s significant enough to be the actual origin of replication.

She shows you the files and you get to work.

After a little tinkering, you think your code is ready to run. It goes through a DNA sequence and looks for the pattern if it finds a match, it updates a counter. When it reaches the end of the DNA pattern, it returns the count (the number of times the pattern occurred in the DNA sequence).

“What’s the pattern?” you ask.

You help your friend run the code.

The result comes back as 18.

The pattern she found occurred 18 times throughout the DNA sequence of the good cells.

“Is that significant?” you ask.

“Well the probability of it occurring once is less than 0.004%, so 18 times must mean something but I’d have to check.”¹

You’re good at code but not so good at statistics, your biologist friend isn’t either. She goes back to the lab to find her statistician friend and run more tests.

What’s happened here is the combination of several fields. Your biologist friend found a potential replication of origin through experimentation but it was long and tedious. To help out, you offered some of your computer science skills. And then to find out whether your result was statistically significant.

This crossover of different fields is an example of bioinformatics at work. Each field brings insights to the table but putting them together makes them far more valuable.


How to find a gene sequence? - Biologia

A gene is a locatable region of genomic sequence, corresponding to a unit of inheritance, which is associated with regulatory regions, transcribed regions and/or other functional sequence regions.

The physical development and phenotype of organisms can be thought of as a product of genes interacting with each other and with the environment, and genes can be considered as units of inheritance.

A concise definition of gene taking into account complex patterns of regulation and transcription, genic conservation and non-coding RNA genes, has been proposed by Gerstein et al. "A gene is a union of genomic sequences encoding a coherent set of potentially overlapping functional products." In cells, genes consist of a long strand of DNA that contains a promoter, which controls the activity of a gene, and a coding sequence, which determines what the gene produces.

When a gene is active, the coding sequence is copied in a process called transcription, producing an RNA copy of the gene's information.

This RNA can then direct the synthesis of proteins via the genetic code.

However, RNAs can also be used directly, for example as part of the ribosome.

These molecules resulting from gene expression, whether RNA or protein, are known as gene products.

Most genes contain non-coding regions that do not code for the gene products, but regulate gene expression.

The genes of eukaryotic organisms can contain non-coding regions called introns that are removed from the messenger RNA in a process known as splicing.

The regions that actually encode the gene product, which can be much smaller than the introns, are known as exons.

One single gene can lead to the synthesis of multiple proteins through the different arrangements of exons produced by alternative splicings.

The total complement of genes in an organism or cell is known as its genome.

The genome size of an organism is generally lower in prokaryotes such as bacteria and archaea have generally smaller genomes, both in number of base pairs and number of genes, than even single-celled eukaryotes, although there is no clear relationship between genome sizes and perceived complexity of eukaryotic organisms.

One of the largest known genomes belongs to the single-celled amoeba Amoeba dubia, with over 670 billion base pairs, some 200 times larger than the human genome.

The estimated number of genes in the human genome has been repeatedly revised downward since the completion of the Human Genome Project current estimates place the human genome at just under 3 billion base pairs and about 20,000&ndash25,000 genes.

A recent Science article gives a final number of 20,488, with perhaps 100 more yet to be discovered .

The gene density of a genome is a measure of the number of genes per million base pairs (called a megabase, Mb) prokaryotic genomes have much higher gene densities than eukaryotes.


How to find a gene sequence? - Biologia

The region of the nucleotide sequences from the start codon (ATG) to the stop codon is called the Open Reading frame.

Gene finding in organism specially prokaryotes starts form searching for an open reading frames (ORF). An ORF is a sequence of DNA that starts with start codon &ldquoATG&rdquo (not always) and ends with any of the three termination codons (TAA, TAG, TGA). Depending on the starting point, there are six possible ways (three on forward strand and three on complementary strand) of translating any nucleotide sequence into amino acid sequence according to the genetic code .These are called reading frames.

While eukaryotic gene finding is altogether a different task as the eukaryotic genes are not continuous and interrupted by intervening noncoding sequences called &lsquointrons&rsquo. Moreover organization of genetic information in eukaryotes and prokaryotes is different

What is Coding Sequence(CDS)? How is it different from the ORF?

The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. While the ORF may contain introns as well, the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery. In Prokaryotes the ORF and the CDS are the same.