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Como o centro da cavidade da proteína está relacionado à ligação?

Como o centro da cavidade da proteína está relacionado à ligação?



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Estou confuso e tenho as seguintes perguntas:
1. O que são (no contexto do artigo abaixo) centros de cavidades de proteínas?
2. Como eles estão relacionados à vinculação?

(Identificação automatizada de recursos de interação proteína-ligante usando Programação Lógica Indutiva: um estudo de caso de ligação de hexose, Santos et a. 2012)


Como você pode encontrar embaixo da mesa com centros de cavidade na versão pdf deste artigo:

A tabela lista o PDB ID da proteína, o ligante considerado e o centro da cavidade especificado. 22 ligantes são semelhantes às hexoses em forma e / ou tamanho. O centro da cavidade é o centróide dos números de átomos do PDB relatados.

E um pouco mais tarde:

O centro do sítio de ligação é calculado como o centróide do anel hexose piranose para os exemplos positivos, e como o ligante ou centróide de bolso vazio para os negativos. Os átomos do anel de hexose piranose estão localizados a até 2,9 ̊ A de distância do centroide do anel. Uma vez que algumas interações atômicas podem ser importantes até 7 ̊ A [22], consideramos o sítio de ligação como todos os átomos de proteína presentes em uma esfera de raio de 10 ̊ A ao redor do centro de ligação. Todos os outros átomos são descartados.

Basicamente, @aandreev está certo. Você pode ler sobre centróides aqui


Os criptocromos

Os criptocromos são fotorreceptores que regulam o arrastamento pela luz do relógio circadiano em plantas e animais. Eles também atuam como partes integrantes do oscilador circadiano central em cérebros de animais e como receptores que controlam a fotomorfogênese em resposta à luz azul ou ultravioleta (UV-A) em plantas. Os criptocromos são provavelmente os descendentes evolutivos das fotolases de DNA, que são enzimas de reparo de DNA ativadas por luz e são classificados em três grupos - criptocromos vegetais, criptocromos animais e proteínas CRY-DASH. Criptocromos e fotolases possuem estruturas tridimensionais semelhantes, caracterizadas por um domínio α / β e um domínio helicoidal. A estrutura também inclui um cromóforo, dinucleotídeo flavina adenina (FAD). A cavidade de acesso FAD do domínio helicoidal é o sítio catalítico das fotolases, e também se prevê que seja importante no mecanismo dos criptocromos.


Conteúdo

TetR funciona como um homodímero. [1] Cada monômero consiste em dez hélices alfa conectadas por loops e voltas. A estrutura geral do TetR pode ser dividida em dois domínios de ligação ao DNA (um por monômero) e um núcleo regulador, que é responsável pelo reconhecimento e dimerização da tetraciclina. TetR dimeriza fazendo contatos hidrofóbicos dentro do núcleo regulatório. Há uma cavidade de ligação para a tetraciclina nas hélices externas do domínio regulatório. Quando a tetraciclina se liga a essa cavidade, ela causa uma mudança conformacional que afeta o domínio de ligação ao DNA, de modo que o TetR não é mais capaz de se ligar ao DNA. Como resultado, TetA e TetR são expressos. Ainda há algum debate no campo se os derivados da tetraciclina por si só podem causar essa mudança conformacional ou se a tetraciclina deve estar em complexo com o magnésio para se ligar ao TetR. [4] (TetR normalmente se liga a complexos de tetraciclina-Mg 2+ dentro das bactérias, mas a ligação de TetR à tetraciclina sozinha foi observada in vitro.)

Os domínios de ligação ao DNA de TetR reconhecem uma sequência palindrômica de 15 pares de bases do operador TetA. [1] [5] Esses domínios consistem principalmente em um motivo de hélice-volta-hélice (HTH) que é comum em membros da família de proteínas TetR (veja abaixo). No entanto, os resíduos do terminal N precedendo este motivo também mostraram ser importantes para a ligação ao DNA. [6] Embora esses resíduos não entrem em contato direto com o DNA, eles se compactam contra o HTH e esse empacotamento é essencial para a ligação. Os motivos HTH têm interações principalmente hidrofóbicas com sulcos principais do DNA alvo. [1] A ligação de TetR à sua sequência de DNA alvo causa mudanças tanto no DNA quanto no TetR. [7] TetR causa alargamento das ranhuras principais, bem como torção do DNA. Uma hélice do motivo HTH de TetR adota um 310 giro helicoidal como resultado de complexas interações de DNA.

Em junho de 2005, esta família de proteínas tinha cerca de 2.353 membros que são reguladores da transcrição. [1] (Os reguladores transcricionais controlam a expressão gênica.) Essas proteínas contêm um motivo de hélice-volta-hélice (HTH) que é o domínio de ligação ao DNA. A segunda hélice é considerada a mais importante para a especificidade da sequência de DNA e freqüentemente reconhece os ácidos nucléicos dentro do sulco principal da dupla hélice. [7] Na maioria dos membros da família, este motivo está na extremidade N-terminal da proteína e é altamente conservado. [1] A alta conservação do motivo HTH não é observada para os outros domínios da proteína. As diferenças observadas nesses outros domínios regulatórios são provavelmente devido às diferenças nas moléculas que cada membro da família detecta.

Os membros da família de proteínas TetR são principalmente repressores transcricionais, o que significa que eles impedem a expressão de certos genes no nível do DNA. Essas proteínas podem atuar em genes com várias funções, incluindo resistência a antibióticos, biossíntese e metabolismo, patogênese bacteriana e resposta ao estresse celular.


Os cientistas descobriram como a proteína Wntless carrega Wnts em suas vias de sinalização

Pesquisadores da Duke-NUS Medical School em Cingapura e da Columbia University nos EUA resolveram como as proteínas Wnt, que desempenham um papel fundamental na proliferação e diferenciação celular, pegam uma carona para viajar de sua fábrica celular à superfície celular. Drogas que interferem no transporte de Wnt, como o medicamento anticâncer ETC-159 fabricado em Cingapura, podem ser usadas para tratar doenças com excesso de sinalização Wnt, como câncer e fibrose.

"Uma vez que a sinalização Wnt excessiva pode levar ao câncer, suprimir a imunidade e desencadear a fibrose, há grande interesse em tentar bloquear esta ligação de transporte", disse o professor David Virshup, diretor do Programa de Biologia de Células-Tronco e Câncer da Duke-NUS e autor correspondente do estudo.

Wnts são proteínas que enviam sinais das células para dizer aos tecidos e órgãos o que está acontecendo ao seu redor. Animais, desde esponjas e águas-vivas até humanos, contam com a sinalização Wnt para construir seus planos corporais. Em humanos adultos, Wnt continua a controlar funções, incluindo a manutenção do cabelo, intestinos e papilas gustativas. Ao contrário da maioria das outras proteínas de sinalização célula a célula, no entanto, Wnts tem um ácido graxo ligado a eles. Por causa desse ácido graxo anexado, Wnts requer uma proteína transportadora dedicada, chamada Wntless (WLS).

Mas como a proteína WLS realmente carrega o sinal Wnt modificado com ácido graxo ao redor das células e entre as células não foi compreendido.

Neste trabalho, publicado na semana passada em Célula, os pesquisadores determinaram a estrutura molecular de Wnt à medida que é transportado por Wntless usando microscopia crioeletrônica. Este método permitiu aos pesquisadores estudar as estruturas das duas proteínas em um estado quase nativo, sem interferência da coloração ou fixação exigida pela microscopia eletrônica tradicional.

"Determinamos a estrutura da molécula de sinalização de curto alcance Wnt em complexo com WLS. A estrutura explica por que essas duas proteínas formam um complexo tão compacto, pois observamos uma grande superfície de ligação entre as duas proteínas", disse Filippo Mancia, um professor associado de Fisiologia e Biofísica Celular do Columbia University Medical Center e co-autor do estudo.

A partir da esquerda: os autores do estudo, Dr Yu Jia, pesquisador sênior, e o Prof David Virshup, diretor do Programa de Biologia de Células-Tronco e Câncer da Duke-NUS, analisam a estrutura 3D das proteínas Wnt e Wntless para desenvolver percepções importantes. Crédito: Duke-NUS Medical School

"A estrutura também revela como o ácido graxo ligado ao Wnt pode ser blindado na membrana quando ligado ao WLS e ajuda a explicar por que um receptor, como o WLS, é necessário para transportar Wnt de dentro das células para a membrana celular", acrescentou Rie Nygaard, um cientista de pesquisa associado no Laboratório Mancia, que liderou o componente de biologia estrutural do projeto.

A estrutura revelou que o WLS tem dois domínios: um domínio transmembrana e um segundo domínio que se assemelha a um antigo regulador de ácido graxo. A cauda de ácido graxo de Wnt é inserida em uma cavidade conservada no domínio transmembrana de WLS.

O domínio transmembrana onde a cauda do ácido graxo se liga é um alvo promissor do fármaco, pois está estruturalmente relacionado à família de receptores acoplados à proteína G (GPCRs), que se descobriu ser muito drogáveis.

"O que é ainda mais encorajador para nós é que já temos um candidato a medicamento que bloqueia essa interação específica e é o ETC-159", disse Yu Jia, que é um dos autores do estudo e pesquisador sênior da Duke-NUS ' Programa de Biologia Câncer e Células Tronco.

ETC-159 é um medicamento anticâncer fabricado em Cingapura, desenvolvido em conjunto pela Duke-NUS e pelo Experimental Drug Development Center (EDDC), uma plataforma nacional para descoberta e desenvolvimento de medicamentos hospedada pela A * STAR, a Agência para Ciência, Tecnologia e Pesquisa. O inibidor de Wnt é um novo candidato a medicamento de molécula pequena que tem como alvo uma variedade de cânceres. Atualmente, está progredindo por meio de ensaios clínicos como tratamento para um subconjunto de cânceres colorretais e ginecológicos.

Ao longo do próximo ano ou assim, a equipe de pesquisadores espera desenvolver essa estrutura para entender em detalhes como os Wnts são carregados no WLS e como o WLS é entregue aos seus receptores.


Informação do artigo

Estrutura de cristal da proteína de ligação à coelenterazina de Renilla muelleri em 1,7 Å: Por que não é uma fotoproteína regulada por cálcio

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Agradecimentos

Agradecemos Hanna Nilsson pela purificação de proteínas, Torbjörn Drakenberg pela ajuda com os experimentos de 13 C NMR, Hans Lilja pela manutenção do espectrômetro de NMR, Ulf Ryde pela ajuda com as simulações em Lund, Andrew McCammon por fornecer recursos para os cálculos iniciais e Gerhard Hummer pelos comentários valiosos . Este trabalho foi apoiado pelo Conselho de Pesquisa Sueco. Os recursos computacionais foram financiados pela National Science Foundation e Howard Hughes Medical Institute (na University of California, San Diego) e pelo The Lund Center for Computational Science (na Lund University).


2 MÉTODOS

2.1 entrada MDpocket

O formato de entrada geral do MDpocket é um arquivo de texto que lista os nomes de arquivos de todos os arquivos PDB a serem considerados para a análise. Esta escolha é motivada pelo fato de que as trajetórias de MD são armazenadas em diferentes formatos de arquivo dependendo das especificações definidas em programas como o Amber (Case et al., 2005), Charmm (Brooks et al., 2009 MacKerel et al., 1998), Gromacs (Hess et al., 2008) ou NAMD (Phillips et al., 2005). Devido à falta de um formato comum, decidimos transformar a trajetória em um conjunto de arquivos PDB correspondentes aos instantâneos obtidos ao longo da simulação. Além disso, quando esses arquivos são ordenados por tempo, o MDpocket permite a análise de eventos dependentes de tempo. Além disso, o uso de arquivos PDB também facilita a análise de estruturas de raios-X retiradas do PDB. Finalmente, os arquivos PDB não precisam ser idênticos (nenhuma topologia genérica necessária), o que torna o MDpocket facilmente adaptável para analisar conjuntos conformacionais de várias fontes (proteínas homólogas, por exemplo).

Para realizar a detecção de cavidade com MDpocket, é importante sobrepor as estruturas do PDB umas às outras. Para este fim, as moléculas de solvente e contra-íons foram retirados do sistema antes da exportação de pdb e, em seguida, os alinhamentos estruturais foram realizados usando ptraj da AmberTools (Case et al., 2005).

2.2 parâmetros e saída do fpocket

MDpocket depende do programa de detecção de bolsos fpocket, que faz uso extensivo do mosaico de Voronoi durante a detecção de cavidades. Esta abordagem geométrica permite recuperar sem as esferas α (ou seja, esferas que estão em contato com exatamente quatro átomos sem qualquer outro átomo situado dentro da esfera). O centro da esfera α corresponde a um vértice de Voronoi. Uma lista de todos os vértices de Voronoi (agrupados em bolsas) situados na superfície da proteína é fornecida na saída de fpocket.

o fpocket módulo é muito flexível quanto ao tipo de cavidade a ser detectada. A flexibilidade é alcançada por meio de parâmetros de linha de comando acessíveis ao usuário que influenciam a filtragem e o agrupamento de esferas α. Os parâmetros mais importantes são aqueles que definem o tamanho das α-esferas construídas em um sítio de ligação (−m: tamanho mínimo da α-esfera -M: tamanho máximo da α-esfera). Além disso, a filtragem e o agrupamento de esferas α podem ser modificados usando os parâmetros -i (o número mínimo de esferas α no bolso final) e −n (o número mínimo de esferas α próximas umas das outras para fundir dois locais de ligação em um único).

Três conjuntos de parâmetros diferentes para detecção de bolsos foram avaliados aqui a fim de ilustrar a escalabilidade do algoritmo. Conjunto 1 denota o padrão fpocket conjunto de parâmetros (-m 3,0, -M 6,0, -i 30, -n 3), que é adaptado para a detecção de sítios de ligação de moléculas pequenas (isto é, peptídeos, compostos semelhantes a drogas). O conjunto 2 destina-se a identificar canais e bolsões muito pequenos (-m 2.8, -M 6.0, -i 3, -n 2). Finalmente, o Conjunto 3 (-m 3,5, -M 5,5, -i 1, -n 2) é escolhido para representar uma α-esfera com um tamanho mínimo fisicamente significativo, enquanto retém todos os bolsos (mesmo os minúsculos construídos por um único α -sfera), sendo assim mais adequado para identificar cavidades muito abertas fisicamente acessíveis a uma molécula de água e detecção de canais contínuos que podem acomodar uma molécula de água.

2.3 Fluxo de trabalho do MDpocket: detecção de bolso

Os bolsos são detectados com base no fluxo de trabalho representado na Figura Suplementar S1:

Uma grade com espaçamento de 1 Å é colocada sobre o primeiro instantâneo do conjunto de arquivos PDB sobrepostos.

fpocket é executado em cada instantâneo do conjunto de arquivos PDB.

Em contraste com a detecção de bolsões em uma única estrutura estática, o MDpocket fornece informações sobre a plasticidade dos bolsos a partir dos mapas de frequência / densidade normalizados gerados a partir de um determinado conjunto de estruturas. Esta é uma grande diferença em relação a outras abordagens que atribuem Ids de bolsões discretos para rastrear bolsões durante as trajetórias de DM (Eyrisch e Helms, 2007). No MDpocket, uma identificação e rastreamento precisos do ID do bolso não são necessários, tornando o protocolo de detecção mais genérico e menos sujeito a erros.

2.4 Fluxo de trabalho do MDpocket: caracterização do bolso

Os mapas de frequência e densidade são valiosos para explorar a abertura / fechamento do bolso. MDpocket também permite caracterizar esses bolsos ou locais de ligação, fornecendo uma variedade de descritores, que incluem a área de superfície acessível e o volume do bolso, o número de esferas α e a densidade hidrofóbica local média, que é um índice de druggability do local de ligação (Schmidtke e Barril, 2010).

Para realizar a caracterização do bolsão, o usuário pode extrair todos os pontos de grade com um valor de grade igual ou superior a um certo limite do mapa de frequência de bolso calculado anteriormente (um valor padrão de 0,5 é definido no MDpocket). Assim, a visualização do mapa de frequência permite que o usuário selecione uma área de interesse (ou seja, um canal transiente ou um local de ligação) usando uma ferramenta de exibição gráfica, e a zona definida pelo usuário (salva como arquivo PDB) pode então ser usada como entrada para MDpocket para determinar todos os descritores de bolso correspondentes à área selecionada para todo o conjunto.

2.5 validação MDpocket

A utilidade e precisão do MDpocket foram calibradas considerando três sistemas moleculares estudados anteriormente em nosso grupo.

HSP90: uma trajetória de 78,5 ns do domínio N-terminal da proteína de choque térmico 90 (HSP90) com solvente explícito (modelo de água TIP3P) foi considerada pela primeira vez. A simulação foi executada no conjunto NPT (1 atm, 298 K) usando condições de contorno periódicas e somas de Ewald (espaçamento de grade de 1 Å) para interações eletrostáticas de longo alcance. O campo de força parm99 e o Âmbar (Case et al., 2005) pacote também foram usados. Desta trajetória, 3925 instantâneos igualmente espaçados foram extraídos e analisados ​​com MDpocket. Além disso, um conjunto alternativo de estruturas foi construído recuperando 88 estruturas cristalográficas de raios-X do PDB (Tabela Suplementar S1), que foram posteriormente alinhadas usando PyMOL.

Mb: a estrutura cristalina de Mb (entrada PDB 1VXD) (Yang e Phillips, 1996) foi imersa em uma caixa octaédrica de moléculas de água TIP3P e a carga líquida do sistema foi neutralizada com íons de sódio. O sistema final continha

21.000 átomos. As simulações foram executadas usando o módulo PMEMD de amber9 e o campo de força parmm99 com parâmetros especiais para o resíduo de heme (Bidon-Chanal et al., 2006 Marti et al., 2006). O algoritmo SHAKE foi usado para manter ligações envolvendo átomos de hidrogênio em seu comprimento de equilíbrio, em conjunto com um intervalo de tempo 1 fs para a integração das equações de Newton. As trajetórias foram coletadas no conjunto NPT (1 atm, 298 K) usando condições de contorno periódicas e somas de Ewald (espaçamento de grade de 1 Å) para interações eletrostáticas de longo alcance. Os sistemas foram minimizados usando um protocolo de múltiplas etapas, envolvendo primeiro o ajuste dos hidrogênios, depois o refinamento das moléculas de água e finalmente a minimização de todo o sistema. O equilíbrio foi realizado aquecendo de 100 a 298 K em quatro etapas de 100 ps a 150, 200, 250 e 298 K. Finalmente, uma trajetória de 50 ns foi obtida, coletando quadros em intervalos de 1 ps. A análise do MDpocket foi realizada com 10.000 instantâneos igualmente espaçados no tempo.

P38 Map quinase: a estrutura PDB 1P38 foi usada como estrutura inicial para uma trajetória de 50 ns MD. Leap foi usado para imergir a proteína em uma caixa de solvente octaédrica. A carga geral do sistema foi neutralizada pela adição de contra-íons. A caixa de solvente continha uma mistura de água e 20% de moléculas de isopropanol. Para obter mais informações sobre o protocolo de equilíbrio, consulte a Seco et al. (2009). A corrida de produção foi realizada a 1 atm e 300 K usando condições de contorno periódicas. Ao todo, 5.000 instantâneos igualmente espaçados no tempo foram usados ​​para a análise do MDpocket.

Para avaliar se MDpocket é capaz de dar dicas úteis durante a seleção de conformações de receptor para docking molecular, 32 estruturas cristalográficas de raios-X de P38 com conformações DFG-in e ligantes ligados foram extraídas do PDB (Lista Suplementar S2), e alinhadas com todos os instantâneos dos MDs usando os átomos Cα dos resíduos 35–39, 45–50 e 100–104, que correspondem à parte estável da folha β que reveste o local de ligação. A fim de extrair as energias de interação para cada DFG no ligante, o ligante alinhado foi extraído da estrutura cristalina e adicionado a cada instantâneo da trajetória MD para calcular a energia de interação. Todos os cálculos de energia foram realizados usando o ambiente operacional molecular (MOE) (Chemical Computing Group, 2009), e a função de energia potencial padrão com o campo de força molecular merck (MMFF). Nenhuma modificação ou mudança conformacional foi aplicada aos ligantes próximos aos resíduos no local de ligação. Assim, esta avaliação de energia de interação muito crua deve principalmente fornecer insights sobre choques estéricos que podem ocorrer no complexo ligante-proteína, se o ligante está encaixado em uma determinada conformação da proteína amostrada durante a trajetória MD.


Princípios da farmacologia fitoterápica

Reações adversas e toxicologia

Os taninos são encontrados até certo ponto em muitas plantas medicinais. Os comentários a seguir sobre reações adversas referem-se apenas a doses relativamente altas de ervas contendo quantidades significativas de taninos. É improvável que a exposição acidental a taninos em níveis baixos tenha qualquer impacto negativo significativo na saúde. Na verdade, os taninos condensados ​​são encontrados em vários alimentos comumente consumidos. Em contraste, os taninos hidrolisáveis ​​são menos comuns nos alimentos (a romã sendo uma exceção) e isso sugere que a ingestão terapêutica a longo prazo desse grupo de taninos deve ser evitada.

Doses elevadas de taninos levam a uma adstringência excessiva nas mucosas, o que produz um efeito irritante. Isso provavelmente levou à prática de adicionar leite ao chá, em que os taninos se ligam preferencialmente às proteínas do leite, em vez de às paredes intestinais. No entanto, mesmo a adição de leite não previne a constipação que pode resultar da ingestão crônica de altos níveis de taninos. Por essas razões, altas doses de ervas fortemente adstringentes devem ser usadas com cautela em condições altamente inflamadas ou ulceradas do trato gastrointestinal e em pacientes com queixas de prisão de ventre.

A ingestão crônica de taninos inibe as enzimas digestivas, especialmente as enzimas ligadas à membrana na mucosa do intestino delgado. 277 Os taninos complexam os íons metálicos e inibem sua absorção. Um estudo descobriu que, desde que o chá e o ferro sejam consumidos separadamente, a absorção do ferro não é afetada. 278 Esta propriedade de complexação de ferro dos taninos pode ser explorada em pacientes do sexo masculino com hemocromatose, que agora é reconhecida como um distúrbio relativamente comum. (Consulte o Apêndice C para obter mais informações sobre essas potenciais interações com ervas contendo tanino.) Os taninos também podem reagir com a tiamina e diminuir sua absorção. 279

A adição de ácido tânico, um tanino hidrolisável, à mistura de sulfato de bário usada em enemas de bário aumenta o rendimento e a precisão do exame. A mucosa colônica se destaca claramente e a visualização do tumor é melhorada. No entanto, a prática foi proibida em 1964 pelo FDA (Food and Drug Administration) dos EUA. 280 Várias mortes causadas por hepatotoxicidade aguda, a maioria em crianças, foram atribuídas a essa prática. 281 Nesses casos, quantidades de ácido tânico suficientes para causar danos maciços ao fígado foram absorvidas diretamente do cólon para a corrente sanguínea. É altamente improvável que esse efeito seja decorrente do uso de ervas contendo tanino. No entanto, alguns casos inexplicáveis ​​de hepatotoxicidade à base de plantas foram registrados. Portanto, é prudente evitar o uso de altas doses de ervas altamente adstringentes em pacientes com trato gastrointestinal muito danificado, exceto nas circunstâncias descritas acima. O consumo do extrato de chá verde tem sido associado a casos raros de hepatotoxicidade idiossincrática. 282

Os taninos são cancerígenos quando injetados por via subcutânea 283 e os chás de ervas contendo taninos têm sido implicados no possível desenvolvimento de cânceres esofágicos. 284.285 Embora essas associações provavelmente tenham pouca relevância para a fitoterapia, elas sugerem cautela com o uso oral e tópico de longo prazo (em pele danificada) de ervas contendo tanino.


Análise de Proteína Computacional

As proteínas desempenham papéis importantes em quase todas as vias biológicas em um sistema vivo, e suas funções são determinadas pela forma tridimensional da cadeia polipeptídica dobrada. Os avanços no sequenciamento de DNA e na biologia estrutural ao longo dos anos revolucionaram nossa compreensão da relação estrutura-função dessas macromoléculas. Em especial, o aumento do número de estruturas de proteínas no Banco de Dados de Proteínas tem fornecido inestimáveis ​​informações sobre a posição precisa de cada átomo, o que permite o entendimento das estruturas das proteínas e do maquinário celular em nível atômico e facilita a descoberta de drogas terapêuticas. Complementares aos métodos experimentais, as abordagens in silico podem revelar informações adicionais relacionadas a muitos aspectos da relação estrutura-função da proteína, que podem ser mascaradas pela imagem estática da configuração da proteína.

No Profacgen, utilizamos as ferramentas de software de computador mais modernas que permitem análises abrangentes para uma proteína integrando dados de sequência e informações estruturais. Nossa experiente equipe de bioinformática pode ajudar a revelar vários recursos da proteína de interesse, incluindo, mas não se limitando a:

  • Parâmetros físico-químicos
  • Anotação das funções da proteína
  • Detecção de homologia e alinhamento estrutural
  • Descoberta de motivo
  • Análise funcional / locais de ligação e cálculo do volume da cavidade
  • Análise topológica global e caracterização da estrutura local
  • Identificação do mapa de contato de superfície / interface
  • Mapeamento de redes H-bonding
  • Cálculo eletrostático
  • Análise de cluster hidrofóbico
  • Avaliação da estabilidade da proteína / energia de dobramento
  • Predição de distúrbio intrínseco de proteínas
  • Estimativa da qualidade da estrutura e correção de erros
  • Redes PPI baseadas em sequência e estrutura

Tentamos caracterizar com precisão as proteínas in silico e fornecer insights sobre as funções com base em informações como sua sequência, estrutura, dinâmica, história evolutiva e sua associação com outras moléculas. Os resultados irão oferecer uma explicação dos dados experimentais observados de uma perspectiva da biologia computacional, ou servir como um guia para mais experimentos de laboratório.

Análise de Proteína Computacional

Recursos

Tempo de resposta rápido
Relatório detalhado do projeto geralmente dentro de uma semana
Uma variedade de análises computacionais disponíveis
Análise customizada conforme solicitado
Assistência na identificação de ferramentas de software apropriadas
Especialistas disponíveis para consultoria técnica e projeto experimental

Prometemos oferecer serviços personalizados de acordo com a necessidade específica de nossos clientes e integrar nossos procedimentos computacionais ao seu fluxo de trabalho. Por favor, não hesite em nos contatar para mais detalhes sobre nosso serviço de análise de proteína computacional.


5. CONCLUSÃO

Apresentamos um algoritmo que infere padrões de sítios de ligação utilizando similaridade local entre sub-cavidades de sítios ativos. A singularidade de nossa abordagem reside não apenas na consideração das sub-cavidades, mas também na representação estrutural mais completa dessas sub-cavidades, sua parametrização e o método pelo qual são comparadas. Demonstramos a capacidade do algoritmo de alavancar informações estruturais não utilizadas anteriormente para realizar inferência de ligação para proteínas que não compartilham similaridade estrutural significativa com sistemas conhecidos. Usando a protease e a trombina do HIV-1 como casos de teste, demos o primeiro passo em direção à inferência farmacóforo baseada na sub-cavidade. Pretendemos estender nosso trabalho em direção à inferência de farmacóforo totalmente automática e predição de função de proteína. Mais especificamente, acreditamos que um mapa de farmacóforo gerado automaticamente pode ser usado para encaixe virtual, otimização de chumbo e de novo desenho de drogas. Um exemplo de um esforço de otimização de chumbo usando esta abordagem seria aplicar preferências de ligação previstas para a substituição de grupos químicos em um andaime bem estudado. O conhecimento detalhado de um mapa de farmacóforo também pode permitir a previsão da função da proteína ou fornecer suporte para hipóteses de ligação geradas por humanos.


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