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Zigosidade e fios

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Não sou um especialista em biologia, mas fiz alguns estudos sobre a compreensão de alelos, cromossomos e DNA no genoma humano. Ainda perplexo com uma pergunta:

Pelo que entendi em um local específico para, por exemplo, se um humano tem um A em um cromossomo e um G em outro, esse indivíduo é considerado heterozigoto naquele locus devido à diferença nos nucleotídeos (A / G neste caso).

No entanto, minha pergunta é. Que tal um indivíduo que tem um A na fita 3 '-> 5' (e, portanto, um complemento T na fita 5 '-> 3') em um cromossomo, mas T na fita 3 '-> 5' (e seu complemento na outra fita) no outro cromossomo. Este indivíduo é considerado heterozigoto ou homozigoto?

Basicamente, minha pergunta se resume a: a "direcionalidade" do emparelhamento A-T importa em ambos os cromossomos?

Eu estava pensando que deveria, pois apenas uma fita pode codificar genes que a outra não, então deveria importar se o A está no (3'-5 ') ou na outra fita ...

Qualquer conselho seria ótimo!


A direcionalidade das fitas é importante, porque os genes podem ser codificados em ambas as fitas de um cromossomo (cada fita pode ser lida na direção 3'-5 'pela RNA polimerase). Portanto, alguém com o caso A-T que você descreveu também é heterozigoto.


Em humanos, a cor dos olhos é um exemplo de característica herdada: um indivíduo pode herdar o "traço dos olhos castanhos" de um dos pais. [1] Traços herdados são controlados por genes e o conjunto completo de genes dentro do genoma de um organismo é chamado de genótipo. [2]

O conjunto completo de características observáveis ​​da estrutura e comportamento de um organismo é denominado fenótipo. Essas características surgem da interação de seu genótipo com o meio ambiente. [3] Como resultado, muitos aspectos do fenótipo de um organismo não são herdados. Por exemplo, a pele bronzeada vem da interação entre o genótipo de uma pessoa e a luz solar [4], portanto, os bronzeadores não são passados ​​para os filhos das pessoas. No entanto, algumas pessoas se bronzeiam mais facilmente do que outras, devido às diferenças em seu genótipo: [5] um exemplo notável são as pessoas com o traço hereditário de albinismo, que não se bronzeiam e são muito sensíveis a queimaduras solares. [6]

Traços hereditários são passados ​​de uma geração para a próxima via DNA, uma molécula que codifica a informação genética. [2] O DNA é um polímero longo que incorpora quatro tipos de bases, que são intercambiáveis. A sequência de ácido nucléico (a sequência de bases ao longo de uma molécula de DNA particular) especifica a informação genética: isso é comparável a uma sequência de letras soletrando uma passagem de texto. [7] Antes de uma célula se dividir por meio da mitose, o DNA é copiado, de modo que cada uma das duas células resultantes herde a sequência de DNA. Uma porção de uma molécula de DNA que especifica uma única unidade funcional é chamada de gene - diferentes genes têm diferentes sequências de bases. Dentro das células, as longas fitas de DNA formam estruturas condensadas chamadas cromossomos. Os organismos herdam o material genético de seus pais na forma de cromossomos homólogos, contendo uma combinação única de sequências de DNA que codificam genes. A localização específica de uma sequência de DNA em um cromossomo é conhecida como locus. Se a sequência de DNA em um determinado locus varia entre os indivíduos, as diferentes formas dessa sequência são chamadas de alelos. As sequências de DNA podem mudar por meio de mutações, produzindo novos alelos. Se ocorrer uma mutação dentro de um gene, o novo alelo pode afetar a característica que o gene controla, alterando o fenótipo do organismo. [8]

No entanto, embora essa correspondência simples entre um alelo e uma característica funcione em alguns casos, a maioria das características é mais complexa e controlada por vários genes interagindo dentro e entre os organismos. [9] [10] Os biólogos do desenvolvimento sugerem que as interações complexas em redes genéticas e a comunicação entre as células podem levar a variações hereditárias que podem ser a base de parte da mecânica da plasticidade do desenvolvimento e da canalização. [11]

Descobertas recentes confirmaram exemplos importantes de mudanças hereditárias que não podem ser explicadas pela agência direta da molécula de DNA. Esses fenômenos são classificados como sistemas de herança epigenética que evoluem causal ou independentemente ao longo dos genes. A pesquisa sobre modos e mecanismos de herança epigenética ainda está em sua infância científica, no entanto, esta área de pesquisa atraiu muitas atividades recentes, pois amplia o escopo da herdabilidade e da biologia evolutiva em geral. [12] Cromatina de marcação de metilação de DNA, loops metabólicos auto-sustentáveis, silenciamento de genes por interferência de RNA e a conformação tridimensional de proteínas (como príons) são áreas onde os sistemas de herança epigenética foram descobertos em nível organísmico. [13] [14] A herdabilidade também pode ocorrer em escalas ainda maiores. Por exemplo, a herança ecológica por meio do processo de construção de nicho é definida pelas atividades regulares e repetidas dos organismos em seu ambiente. Isso gera um legado de efeito que modifica e realimenta o regime de seleção das gerações subsequentes. Os descendentes herdam genes e características ambientais geradas pelas ações ecológicas dos ancestrais. [15] Outros exemplos de herdabilidade na evolução que não estão sob o controle direto de genes incluem a herança de traços culturais, herdabilidade de grupo e simbiogênese. [16] [17] [18] Esses exemplos de herdabilidade que operam acima do gene são amplamente cobertos pelo título de seleção hierárquica ou multinível, que tem sido um assunto de intenso debate na história da ciência evolucionária. [17] [19]

Quando Charles Darwin propôs sua teoria da evolução em 1859, um de seus principais problemas era a falta de um mecanismo subjacente para a hereditariedade. [20] Darwin acreditava em uma mistura de herança mista e herança de características adquiridas (pangênese). A herança mista levaria à uniformidade entre as populações em apenas algumas gerações e, então, removeria a variação de uma população sobre a qual a seleção natural poderia atuar. [21] Isso levou Darwin a adotar algumas idéias lamarckianas em edições posteriores do Na origem das espécies e seus trabalhos biológicos posteriores. [22] A abordagem primária de Darwin para a hereditariedade era delinear como ela parecia funcionar (observando que características que não foram expressas explicitamente no pai no momento da reprodução poderiam ser herdadas, que certas características poderiam ser ligadas ao sexo, etc.). do que sugerir mecanismos.

O modelo inicial de hereditariedade de Darwin foi adotado e, em seguida, fortemente modificado por seu primo Francis Galton, que estabeleceu a estrutura para a escola biométrica da hereditariedade. [23] Galton não encontrou nenhuma evidência para apoiar os aspectos do modelo de pangênese de Darwin, que se baseava em características adquiridas. [24]

A herança de características adquiridas mostrou ter pouca base na década de 1880, quando August Weismann cortou as caudas de muitas gerações de camundongos e descobriu que seus descendentes continuavam a desenvolver caudas. [25]

Cientistas da Antiguidade tinham uma variedade de ideias sobre hereditariedade: Teofrasto propôs que as flores masculinas causavam o amadurecimento das flores femininas [26]. Hipócrates especulou que as "sementes" eram produzidas por várias partes do corpo e transmitidas aos descendentes no momento da concepção [27] e Aristóteles pensei que os fluidos masculinos e femininos se misturassem na concepção. [28] Ésquilo, em 458 aC, propôs o homem como pai, com a mulher como uma "babá da jovem vida semeada dentro dela". [29]

Antigas compreensões de hereditariedade mudaram para duas doutrinas debatidas no século XVIII. A Doutrina da Epigênese e a Doutrina da Pré-formação eram duas visões distintas da compreensão da hereditariedade. A Doutrina da Epigênese, originada por Aristóteles, afirmava que um embrião se desenvolve continuamente. As modificações nas características dos pais são transmitidas ao embrião durante sua vida. O fundamento desta doutrina foi baseado na teoria da herança de características adquiridas. Em oposição direta, a Doutrina da Pré-formação afirmava que "semelhante gera semelhante", onde o germe evoluiria para produzir descendentes semelhantes aos pais. A visão pré-formacionista acreditava que a procriação era um ato de revelar o que havia sido criado muito antes. No entanto, isso foi contestado pela criação da teoria celular no século 19, onde a unidade fundamental da vida é a célula, e não algumas partes pré-formadas de um organismo. Vários mecanismos hereditários, incluindo herança combinada, também foram considerados sem serem devidamente testados ou quantificados e, posteriormente, contestados. No entanto, as pessoas foram capazes de desenvolver raças domésticas de animais e também plantações por meio da seleção artificial. A herança de características adquiridas também fez parte das primeiras idéias lamarckianas sobre a evolução.

Durante o século 18, o microscopista holandês Antonie van Leeuwenhoek (1632–1723) descobriu "animálculos" no esperma de humanos e outros animais. [30] Alguns cientistas especularam que viram um "homenzinho" (homúnculo) dentro de cada esperma. Esses cientistas formaram uma escola de pensamento conhecida como "espermistas". Eles argumentaram que as únicas contribuições da mulher para a geração seguinte foram o útero em que o homúnculo cresceu e as influências pré-natais do útero. [31] Uma escola de pensamento oposta, os ovistas, acreditava que o futuro humano estava no óvulo e que o esperma apenas estimulava o crescimento do óvulo. Os ovistas pensavam que as mulheres carregavam óvulos contendo meninos e meninas e que o sexo da prole era determinado bem antes da concepção. [32]

Uma das primeiras iniciativas de pesquisa surgiu em 1878, quando Alpheus Hyatt conduziu uma investigação para estudar as leis da hereditariedade por meio da compilação de dados sobre fenótipos familiares (tamanho do nariz, formato da orelha etc.) e expressão de condições patológicas e características anormais, especialmente com relação à idade de aparência. Um dos objetivos do projeto era tabular dados para entender melhor por que certas características são expressas de forma consistente, enquanto outras são altamente irregulares. [33]

Gregor Mendel: pai da genética Editar

A ideia de herança particulada de genes pode ser atribuída ao monge da Morávia [34] Gregor Mendel, que publicou seu trabalho sobre plantas de ervilha em 1865. No entanto, seu trabalho não era amplamente conhecido e foi redescoberto em 1901. Foi inicialmente assumido que a herança de Mendel só foi responsável por grandes diferenças (qualitativas), como as vistas por Mendel em suas plantas de ervilha - e a ideia de efeito aditivo de genes (quantitativos) não foi realizada até RA O artigo de Fisher (1918), "A correlação entre parentes na suposição da herança de Mendel", a contribuição geral de Mendel deu aos cientistas uma visão geral útil de que as características eram herdáveis. Sua demonstração de ervilha se tornou a base do estudo das Características de Mendel. Essas características podem ser rastreadas em um único locus. [35]

Desenvolvimento moderno da genética e hereditariedade Editar

Na década de 1930, o trabalho de Fisher e outros resultou em uma combinação das escolas Mendeliana e biométrica na síntese evolutiva moderna. A síntese moderna preencheu a lacuna entre geneticistas experimentais e naturalistas e entre ambos e paleontólogos, afirmando que: [36] [37]

  1. Todos os fenômenos evolutivos podem ser explicados de uma maneira consistente com os mecanismos genéticos conhecidos e as evidências observacionais dos naturalistas.
  2. A evolução é gradual: pequenas mudanças genéticas, recombinação ordenada pela seleção natural. As descontinuidades entre as espécies (ou outros taxa) são explicadas como originando-se gradualmente através da separação geográfica e extinção (não saltação). é esmagadoramente o principal mecanismo de mudança, mesmo as pequenas vantagens são importantes quando continuadas. O objeto de seleção é o fenótipo em seu ambiente circundante. O papel da deriva genética é ambíguo, embora fortemente apoiado inicialmente por Dobzhansky, ele foi rebaixado mais tarde, conforme os resultados da genética ecológica foram obtidos.
  3. A primazia do pensamento populacional: a diversidade genética carregada nas populações naturais é um fator chave na evolução. A força da seleção natural na natureza foi maior do que o esperado, o efeito de fatores ecológicos, como a ocupação de nichos e a importância das barreiras ao fluxo gênico, são todos importantes.

A ideia de que a especiação ocorre depois que as populações são isoladas reprodutivamente tem sido muito debatida. [38] Em plantas, a poliploidia deve ser incluída em qualquer visão de especiação. Formulações como 'a evolução consiste principalmente em mudanças nas frequências dos alelos entre uma geração e outra' foram propostas um pouco mais tarde. A visão tradicional é que a biologia do desenvolvimento ('evo-devo') desempenhou um papel pequeno na síntese, mas um relato do trabalho de Gavin de Beer por Stephen Jay Gould sugere que ele pode ser uma exceção. [39]

Quase todos os aspectos da síntese foram desafiados às vezes, com vários graus de sucesso. Não há dúvida, porém, de que a síntese foi um grande marco na biologia evolutiva. [40] Ele esclareceu muitas confusões e foi diretamente responsável por estimular uma grande quantidade de pesquisas na era pós-Segunda Guerra Mundial.

Trofim Lysenko, no entanto, causou um retrocesso do que agora é chamado de lysenkoismo na União Soviética, ao enfatizar as idéias lamarckianas sobre a herança de características adquiridas. Este movimento afetou a pesquisa agrícola e levou à escassez de alimentos na década de 1960 e afetou seriamente a URSS. [41]

Há evidências crescentes de que há herança transgeracional de mudanças epigenéticas em humanos [42] e outros animais. [43]


Triagem rápida para zigosidade de mutações CRISPR

O desenvolvimento do CRISPR / Cas9 revolucionou a capacidade dos pesquisadores de editar o genoma à vontade. No entanto, a natureza das edições CRISPR não é totalmente controlável ou previsível. Essa incerteza se deve ao mecanismo pelo qual as edições são integradas ao genoma.

Quando o CRISPR induz uma quebra de fita dupla (DSB) no DNA, a quebra é reparada por meio de indels de uma ou duas bases aleatórias (bp) por meio de união de extremidade não homóloga (NHEJ). Em células diplóides, essas mutações podem assumir um de três zigosidades: monoalleico, onde apenas um alelo é heterozigoto dialélico mutado, onde ambos os alelos são mutados de forma diferente ou homozigoto dialélico, onde ambos os alelos são mutados de forma idêntica.

Esses resultados diferentes exigem que os pesquisadores rastreiem suas linhas celulares para a zigosidade desejada da mutação. O sequenciamento de última geração (NGS) é o padrão ouro para a triagem de zigosidade, mas o processo é caro e demorado, principalmente se houver muitas linhas de células que requerem triagem.

Este tutorial irá apresentar um novo método de triagem que usa Accucleave ™ T7 CE, um ensaio de clivagem de heteroduplex baseado em endonuclease I de T7 (T7EI) que seleciona especificamente linhas de células com zigosidade indesejada antes de NGS. O tutorial também apresentará novos modelos estatísticos que auxiliam na determinação da zigosidade de linhagens celulares, proporcionando assim uma etapa de triagem rápida que reduz o número de linhas celulares que devem ser sequenciadas, economizando tempo e dinheiro.

Como funciona o ensaio

O AccuCleave T7 CE rastreia a zigosidade identificando e clivando as incompatibilidades de DNA entre os alelos correspondentes. Se a mutação for monoalélica, homozigótica dialélica ou heterozigótica dialélica, o T7EI irá clivar o heteroduplex resultante, produzindo um padrão de fragmentação previsível. A concentração relativa de fragmentos clivados pode ser usada para estimar a zigosidade de linhas de células diplóides monoclonais.

O ensaio não irá clivar os homoduplexes formados quando ocorrem mutações dialélicas homozigóticas, tornando-as indistinguíveis das células do tipo selvagem (WT). Portanto, após a amplificação por PCR, mas antes da formação do heteroduplex, é necessário introduzir o DNA WT no DNA mutado em uma proporção de 50/50 para medir com precisão a ocorrência de todos os três zigosidades possíveis em cada linha celular (figura 1).

Figura 1. Uma representação das possíveis zigosidades de uma mutação induzida por junção de extremidade não homóloga (NHEJ) após uma edição CRISPR em uma célula diplóide e os duplexes resultantes quando este DNA é misturado em uma proporção de 50/50 com o DNA de tipo selvagem. Também são mostradas as porcentagens de clivagem teórica após a aplicação de AccuCleave T7CE para cada amostra.


O Kit AccuCleave T7 CE é usado após uma amostra de DNA amplificada por PCR ser desnaturada e reanimada para permitir a formação de heteroduplex. Primeiro, as amostras são misturadas com a mistura principal T7EI e incubadas a 37 ° C por 30–60 minutos, o que permite que a endonuclease tenha tempo para clivar os heteroduplexes. Em seguida, a mistura é diluída com Tris-EDTA e analisada usando o kit Fragment Analyzer CRISPR Discovery Gel da Advanced Analytical Technologies. Finalmente, a porcentagem de duplexes clivados é calculada usando o plugin CRISPR para PROSize ® Data Analysis Software.

A porcentagem clivado é calculado medindo a quantidade relativa de fragmentos clivados versus não clivados após digestão com T7EI. Equação 1 descreve como a porcentagem clivada é calculada: CF1 = a concentração de um dos fragmentos resultantes após a clivagem CF2 = a concentração do outro fragmento resultante e CUMA= a concentração do amplicon inicial não clivado. Quando alguém está trabalhando com linhas celulares agrupadas, a porcentagem mutado pode ser calculado a partir da porcentagem clivada usando Equação 2, permitindo a detecção de mutações tão baixas quanto 5% de mutação.

Para linhas de células diplóides monoclonais, a zigosidade pode ser prevista a partir da porcentagem clivada. Quando o DNA WT é misturado em uma proporção de 50/50 com o DNA monoalélico, a quantidade de alelos mutados em toda a amostra será de 25%. Quando o DNA de uma linha celular com uma mutação dialélica heterozigótica é misturado com o DNA WT, 25% das fitas abrigarão a mutação A, 25% terão a mutação B e 50% serão WT.

Finalmente, quando o DNA WT é misturado com uma porção igual de DNA homozigoto dialélico, 50% do DNA total terá a mutação. Com base na composição de cada um desses pools, as probabilidades teóricas que os heteroduplexes irão formar são, em relação à zigosidade, 37,5% para linhas celulares com mutações monoalélicas, 61,5% para linhas celulares com mutações heterozigóticas dialélicas e 50,0% para linhas celulares com mutações dialélicas mutações homozigotas (figura 1) Essas porcentagens teóricas servem como marcos que permitem aos pesquisadores derivar a zigosidade de uma mutação em uma linha celular particular com base na frequência de clivagem T7EI.


Equação 1 e 2

Avaliando a Validade do Ensaio

Em um estudo de prova de método, o Kit AccuCleave T7 CE foi usado para avaliar a zigosidade de várias fitas de DNA modelo, cada uma contendo uma infinidade de polimorfismos de nucleotídeo único e indels de comprimentos variados. 1 Após a amplificação por PCR, as sequências de DNA foram digeridas com o kit. Os pesquisadores testaram o kit em amplicons de comprimentos variados e descobriram que apenas o amplicon de 600 bp exibia taxas de clivagem dentro de 5% do valor teórico de cada zigosidade (Figura 2).

No amplicon de 600 pb, a endonuclease foi capaz de clivar todas as incompatibilidades de base única juntamente com indels de 1, 2 e 10 pb dentro de 5% da frequência de clivagem teórica esperada para cada mutação (Figura 3) Como todas as zigosidades caíram dentro de 5% de seus pontos de referência teóricos por cento clivados, não houve sobreposição para mutações monoalélicas, homozigóticas dialélicas e heterozigóticas dialélicas, tornando-as facilmente distinguíveis (Figura 2) Este método foi posteriormente confirmado no arroz editado pelo CRISPR.


Figura 2. Uma comparação da porcentagem de clivagem para diferentes comprimentos de amplicon. O amplicon de 600 bp foi clivado a taxas que eram consistentes com as porcentagens de clivagem teóricas (isto é, 37,5% para mutações monocelulares, 50% para mutações homozigóticas dialélicas e 62,5% para mutações heterozigóticas dialélicas).

Figura 3. Uma comparação da porcentagem de clivagem para diferentes tipos de mutação. Todas as mutações foram clivadas em valores consistentes com as percentagens de clivagem teóricas (isto é, 37,5% para mutações monoalélicas e 50% para mutações homozigóticas dialélicas).


Como o CRISPR é mais usado em células diplóides, como em células-tronco pluripotentes humanas induzidas e células de modelos de roedores, será cada vez mais crítico usar um ensaio que pode pré-rastrear linhas celulares para zigosidade e reduzir a necessidade de realizar NGS. AccuCleave T7 CE, um ensaio de clivagem de heteroduplex baseado em T7EI, cliva heteroduplexes de forma precisa e confiável, e uma análise dos fragmentos clivados resultantes pode ser usada para caracterizar a zigosidade de mutações na amostra. Esta ferramenta pode ajudar os pesquisadores a identificar linhas celulares com a mutação desejada antes do NGS, economizando tempo e dinheiro e simplificando seus fluxos de trabalho CRISPR.


Glossário de genética

Esse glossário de genética é uma lista de definições de termos e conceitos comumente usados ​​no estudo da genética e disciplinas relacionadas em biologia, incluindo biologia molecular e biologia evolutiva. [1] Destina-se a ser um material introdutório para iniciantes para mais detalhes técnicos e específicos, consulte o artigo correspondente a cada termo. Para termos relacionados, consulte o Glossário de biologia evolutiva.

Também renderizado como extremidade de três primos.

A extremidade de uma única fita de DNA ou RNA na qual a cadeia de nucleotídeos termina no terceiro átomo de carbono no anel de furanose de desoxirribose ou ribose (ou seja, o terminal em que o carbono 3 'não está ligado a outro nucleotídeo por meio de uma ligação fosfodiéster na Vivo, o carbono 3 'frequentemente ainda está ligado a um grupo hidroxila). Por convenção, as sequências e estruturas posicionadas mais próximas da extremidade 3 'em relação às outras são referidas como a jusante. Contraste Extremidade 5 ' .

Também renderizado como capitalização de cinco primeiros.

Um nucleotídeo especialmente alterado ligado à extremidade 5 'de alguns transcritos primários de RNA como parte do conjunto de modificações pós-transcricionais que convertem os transcritos brutos em produtos de RNA maduros. A estrutura precisa do cap 5 'varia amplamente por organismo em eucariotos, o cap mais básico consiste em um nucleosídeo guanina metilado ligado ao grupo trifosfato que termina a extremidade 5' de uma sequência de RNA. Entre outras funções, capping ajuda a regular a exportação de RNAs maduros do núcleo, prevenir sua degradação por exonucleases e promover a tradução no citoplasma. Os mRNAs maduros também podem ser removidos.

Também renderizado como extremidade cinco primos.

A extremidade de uma única fita de DNA ou RNA na qual a cadeia de nucleotídeos termina no quinto átomo de carbono no anel furanose de desoxirribose ou ribose (ou seja, o terminal em que o carbono 5 'não está ligado a outro nucleotídeo por meio de uma ligação fosfodiéster na Vivo, o carbono 5 'frequentemente ainda está ligado a um grupo fosfato). Por convenção, as sequências e estruturas posicionadas mais próximas da extremidade 5 'em relação às outras são referidas como a montante. Contraste 3 'final .

Abreviado em taquigrafia com a letra UMA .

Uma das quatro principais nucleobases presentes no DNA e no RNA. A adenina forma um par de bases com a timina no DNA e com o uracil no RNA. Qualquer par de organismos geneticamente relacionados e ambos afetados pela mesma característica. Por exemplo, dois primos que têm olhos azuis são um par parente afetado, pois ambos são afetados pelo alelo que codifica os olhos azuis. Uma das múltiplas versões alternativas de um gene individual, cada uma das quais é uma sequência de DNA viável ocupando uma determinada posição, ou locus, em um cromossomo. Por exemplo, em humanos, um alelo do gene da cor dos olhos produz olhos azuis e outro alelo do gene da cor dos olhos produz olhos castanhos. A frequência relativa com que um determinado alelo de um determinado gene (em oposição a outros alelos do mesmo gene) ocorre em um determinado locus nos membros de uma população, mais especificamente, é a proporção de todos os cromossomos dentro de uma população que carregam um alelo particular, expresso como uma fração ou porcentagem. A frequência do alelo é distinta da frequência do genótipo, embora estejam relacionados.

Também chamado de cromossomo sexual, heterocromossomo, ou idiocromossomo.

Qualquer cromossomo que difere de um autossomo comum em tamanho, forma ou comportamento e que é responsável por determinar o sexo de um organismo. Em humanos, o cromossomo X e o cromossomo Y são cromossomos sexuais.

Também chamado emenda diferencial ou simplesmente emenda.

Fenômeno regulado de expressão gênica eucariótica em que exons específicos ou partes de exons do mesmo transcrito primário são incluídos ou removidos do transcrito final de RNA mensageiro maduro. Uma classe de modificação pós-transcricional, o splicing alternativo permite que um único gene codifique várias isoformas de proteínas e aumenta muito a diversidade de proteínas que podem ser produzidas por um genoma individual. Veja também Splicing de RNA . Um composto orgânico contendo grupos funcionais amina e carboxila, bem como uma cadeia lateral específica para cada aminoácido individual. De quase 500 aminoácidos conhecidos, um conjunto de 20 são codificados pelo código genético padrão e incorporados em sequência como blocos de construção de polipeptídeos e, portanto, de proteínas. A sequência específica de aminoácidos nas cadeias polipeptídicas que formam uma proteína são, em última análise, responsáveis ​​por determinar a estrutura e função da proteína. Estágio de mitose e meiose que ocorre após a metáfase e antes da telófase, quando os cromossomos replicados são segregados e cada uma das cromátides irmãs é movida para lados opostos da célula. Condição de uma célula ou organismo com um número anormal de um ou mais cromossomos individuais específicos (mas excluindo números anormais de conjuntos completos de cromossomos, que em vez disso é conhecido como euploidia). Fenômeno pelo qual os sintomas de um distúrbio genético se tornam aparentes (e frequentemente mais graves) em uma idade mais precoce em indivíduos afetados a cada geração que herda o distúrbio. Uma série de três nucleotídeos consecutivos dentro de um RNA de transferência que complementam os três nucleotídeos de um códon dentro de um transcrito de mRNA. Durante a tradução, cada tRNA recrutado para o ribossomo contém um único tripleto anticódon que emparelha com um ou mais códons complementares da sequência de mRNA, permitindo que cada códon especifique um determinado aminoácido a ser adicionado à cadeia crescente do peptídeo. Anticodontes contendo inosina na primeira posição são capazes de emparelhar com mais de um códon devido a um fenômeno conhecido como emparelhamento de base oscilante. A orientação de duas fitas de um ácido nucleico de fita dupla (e mais geralmente qualquer par de biopolímeros) que são paralelas entre si, mas com direcionalidade oposta. Por exemplo, as duas fitas complementares de uma molécula de DNA correm lado a lado, mas em direções opostas, com uma fita orientada de 5 'para 3' e a outra de 3 'para 5'. Ver vertente modelo . Qualquer cromossomo que não seja um alossomo e, portanto, não esteja envolvido na determinação do sexo de um organismo. Ao contrário dos cromossomos sexuais, os autossomos em uma célula diplóide existem em pares, com os membros de cada par tendo a mesma estrutura, morfologia e loci genético.

Também chamado testcrossing.

Criação de um organismo híbrido com um de seus progenitores ou um indivíduo geneticamente semelhante a um de seus progenitores, muitas vezes intencionalmente como um tipo de criação seletiva, com o objetivo de produzir descendentes com uma identidade genética mais próxima da do progenitor. O evento reprodutivo e a progênie resultante são ambos referidos como um retrocruzar, muitas vezes abreviado em abreviatura genética com o símbolo AC. Um par de duas nucleobases em fitas complementares de DNA ou RNA que estão ligadas entre si por pontes de hidrogênio. A capacidade dos pares de bases consecutivos de se empilharem contribui para as estruturas de dupla hélice de cadeia longa observadas nas moléculas de DNA de fita dupla e de RNA de fita dupla. Uma medida do nível de expressão gênica de um gene ou genes antes de uma perturbação em um experimento, como em um controle negativo. Expressão de linha de base também pode se referir à medida esperada ou histórica de expressão de um gene.

Também abreviado como Caixa CAAT ou Caixa CAT.

A conversão de uma célula de um tipo específico de tecido para outro. Isso envolve desdiferenciação para um estado pluripotente, um exemplo é a conversão de células somáticas de camundongo em um estado embrionário indiferenciado, que depende dos fatores de transcrição 4 de outubro, Sox2, Meu c, e Klf4. [3]

Também chamado de unidade de mapa (m.u.).

Uma unidade para medir a ligação genética definida como a distância entre os loci cromossômicos para os quais o número médio esperado de cruzamentos cromossômicos intervenientes em uma única geração é 0,01. Embora não seja uma medida real de distância física, é usada para inferir a distância entre dois locais com base na probabilidade aparente de um cruzamento ocorrer entre eles. A parte de um cromossomo que liga um par de cromátides irmãs. Durante a mitose, as fibras do fuso se ligam ao centrômero por meio de cinetocoros. A presença de duas ou mais populações de células com genótipos distintos em um organismo individual, conhecido como quimera, que se desenvolveu a partir da fusão de células originadas de zigotos separados, cada população de células retém seu próprio genoma, de modo que o organismo como um todo é uma mistura de questões geneticamente não idênticas. O quimerismo genético pode ser herdado (por exemplo, pela fusão de vários embriões durante a gravidez) ou adquirido após o nascimento (por exemplo, por transplante alogênico de células, tecidos ou órgãos de um doador geneticamente não idêntico) em plantas, pode resultar de enxerto ou erros na divisão celular. É semelhante, mas distinto do mosaicismo. Uma cópia de um cromossomo recém-copiado, que é unido ao cromossomo original por um centrômero. Complexo de DNA, RNA e proteína encontrado em células eucarióticas que é a substância primária que compreende os cromossomos. A cromatina funciona como um meio de empacotar moléculas de DNA muito longas em formas altamente organizadas e densamente compactadas, o que evita que os fios se enredem, reforça o DNA durante a divisão celular, ajuda a prevenir danos ao DNA e desempenha um papel importante na regulação da expressão gênica e Replicação de DNA.

Também chamado cruzando.

A duplicação de um cromossomo inteiro, em oposição a um segmento de um cromossomo ou um gene individual. Uma molécula de DNA que contém parte ou todo o material genético de um organismo. Os cromossomos podem ser considerados uma espécie de "pacote" molecular para transportar DNA dentro do núcleo das células e, na maioria dos eucariotos, são compostos de longas fitas de DNA enroladas com proteínas de embalagem que se ligam e condensam as fitas para evitar que se tornem um emaranhado. Os cromossomos são mais facilmente distinguidos e estudados em suas formas completamente condensadas, que ocorrem apenas durante a divisão celular. Alguns organismos simples têm apenas um cromossomo feito de DNA circular, enquanto a maioria dos eucariotos tem vários cromossomos feitos de DNA linear. Uma mutação que ocorre dentro de um elemento cis-regulador (como um operador) que altera o funcionamento de um gene ou genes próximos na mesma fita de DNA. As mutações cis-dominantes afetam a expressão dos genes porque ocorrem em locais que controlam a transcrição, e não dentro dos próprios genes. Qualquer região de DNA não codificante que regula a transcrição de genes próximos, normalmente servindo como um local de ligação para um ou mais fatores de transcrição. Contraste elemento transregulatório . Ramo da genética baseado unicamente na observação dos resultados visíveis dos atos reprodutivos, ao contrário do que se tornou possível pelas modernas técnicas e metodologias da biologia molecular. Contraste genética molecular . O processo de produção, natural ou artificial, de organismos ou células individuais geneticamente idênticos. Os clones são o resultado de todas as formas de reprodução assexuada, e as células que sofrem mitose produzem células-filhas que são clones da célula-mãe e umas das outras. A clonagem também pode se referir a métodos de biotecnologia que criam artificialmente cópias de organismos ou células, ou, na clonagem molecular, cópias de fragmentos de DNA ou outras moléculas. Tipo de co-regulador que aumenta a expressão de um ou mais genes ao se ligar a um ativador.

Também fita sensorial, vertente sentido positivo (+), e fio não modelo.

Fita de uma molécula de DNA de fita dupla cuja sequência de nucleotídeos corresponde diretamente àquela do transcrito de RNA produzido durante a transcrição (exceto que as bases de timina são substituídas por bases de uracila na molécula de RNA). Embora não seja ela própria transcrita, a fita codificadora é, por convenção, a fita usada ao exibir uma sequência de DNA por causa da analogia direta entre sua sequência e os códons do produto de RNA. Contraste vertente modelo Veja também senso . Uma série de três nucleotídeos consecutivos em uma região de codificação de uma sequência de ácido nucleico. Cada um desses trigêmeos codifica um determinado aminoácido ou sinal de parada durante a síntese de proteínas. As moléculas de DNA e RNA são cada uma escrita em uma linguagem usando quatro "letras" (quatro nucleobases diferentes), mas a linguagem usada para construir proteínas inclui 20 "letras" (20 aminoácidos diferentes). Os códons fornecem a chave que permite que esses dois idiomas sejam traduzidos um no outro. Em geral, cada códon corresponde a um único aminoácido (ou sinal de parada), e o conjunto completo de códons é chamado de código genético. Qualquer composto orgânico não proteico que esteja ligado a uma enzima. Os cofatores são necessários para o início da catálise. Uma propriedade dos biopolímeros de ácido nucleico pela qual duas cadeias poliméricas (ou "fitas") alinhadas antiparalelas uma à outra tenderão a formar pares de bases que consistem em ligações de hidrogênio entre as nucleobases individuais que compreendem cada cadeia, com cada um dos quatro tipos de pares de nucleobases exclusivamente com um outro tipo de nucleobase, por exemplo em moléculas de DNA de fita dupla, A emparelha apenas com T e C emparelha apenas com G. Os fios que são pareados de tal forma, e as próprias bases, seriam complementar. O grau de complementaridade entre duas fitas influencia fortemente a estabilidade da molécula de duplex - certas sequências também podem ser internamente complementares, o que pode resultar na ligação de uma única fita a si mesma. A complementaridade é fundamental para os mecanismos que regem a replicação, transcrição e reparo do DNA. DNA que é sintetizado a partir de um molde de RNA de fita simples (tipicamente mRNA ou miRNA) em uma reação catalisada pela enzima transcriptase reversa. O cDNA é produzido naturalmente por retrovírus e artificialmente em certas técnicas de laboratório, particularmente a clonagem molecular. Em bioinformática, o termo também pode ser usado para se referir à sequência de um transcrito de mRNA expresso como sua contraparte codificadora de DNA (isto é, com timina substituindo uracila). Ver traço quantitativo . A expressão induzida e controlada de um transgene, seja em vitro ou na Vivo.

Também chamado de seqüência canônica.

Uma ordem calculada dos resíduos mais frequentes (de nucleotídeos ou aminoácidos) encontrados em cada posição em um alinhamento de sequência comum e obtida pela comparação de vários alinhamentos de sequência intimamente relacionados. Ramo interdisciplinar da genética de populações que aplica métodos e conceitos genéticos em um esforço para entender a dinâmica dos genes nas populações, principalmente para evitar extinções e conservar e restaurar a biodiversidade. Um ácido nucleico ou sequência de proteína que é altamente semelhante ou idêntica em muitas espécies ou dentro de um genoma, indicando que permaneceu relativamente inalterado por um longo período de tempo evolutivo. A transcrição contínua de um gene, em oposição à expressão facultativa, na qual um gene é transcrito apenas quando necessário. Um gene que é transcrito continuamente é chamado de gene constitutivo. Um trecho contínuo de DNA genômico gerado pela montagem de fragmentos clonados por meio de suas sobreposições. [2] Um fenômeno no qual seções de um genoma são repetidas e o número de repetições varia entre os indivíduos da população, geralmente como resultado de eventos de duplicação ou exclusão que afetam genes inteiros ou seções de cromossomos. As variações do número de cópias desempenham um papel importante na geração de variação genética dentro de uma população. Proteína que atua junto com um ou mais fatores de transcrição para regular a expressão gênica. Um tipo de co-regulador que reduz (reprime) a expressão de um ou mais genes ao se ligar e ativar um repressor.

Criação de progenitores de raça pura pertencentes a duas raças, variedades ou populações diferentes, muitas vezes intencionalmente como um tipo de reprodução seletiva, com o objetivo de produzir descendentes que partilhem características de ambas as linhagens progenitoras ou que apresentem heterose. Na criação de animais, a progênie de um cruzamento entre raças da mesma espécie é chamada de híbrido, enquanto a progênie de um cruzamento entre diferentes espécies é chamada de híbrido. Ramo da genética que estuda como os cromossomos influenciam e se relacionam com o comportamento e a função das células, particularmente durante a mitose e a meiose.

Abreviado em taquigrafia com a letra C .

Uma das quatro principais nucleobases presentes no DNA e no RNA. A citosina forma um par de bases com a guanina.

Denotado de forma abreviada com o símbolo Δ.

Um tipo de mutação em que uma ou mais bases são removidas de uma sequência de ácido nucleico. Uma molécula de ácido nucleico polimérica composta por uma série de desoxirribonucleotídeos que incorporam um conjunto de quatro nucleobases: adenina (A), guanina (G), citosina (C) e timina (T). O DNA é mais frequentemente encontrado na forma de uma "dupla hélice", que consiste em duas moléculas de DNA complementares emparelhadas que se assemelham a uma escada torcida. Os "degraus" da escada são feitos de pares de nucleobases.

Denotado abreviadamente com o número somático 2n.

(de uma célula ou organismo) Tendo duas cópias homólogas de cada cromossomo. Contraste haplóide e poliplóide . Qualquer quantidade usada para medir a dissimilaridade entre os níveis de expressão gênica de diferentes genes. [4] O processo de compactação de moléculas de DNA muito longas em configurações ordenadas e densamente compactadas, como cromossomos, na Vivo ou em vitro. Uma tecnologia de alto rendimento usada para medir os níveis de expressão de transcritos de mRNA ou para detectar certas mudanças na sequência de nucleotídeos. Ele consiste em uma matriz de milhares de pontos microscópicos de oligonucleotídeos de DNA, chamados recursos, cada um contendo picomoles de uma sequência de DNA específica. Pode ser uma seção curta de um gene ou outro elemento de DNA que é usado como uma sonda para hibridizar uma amostra de cDNA, cRNA ou DNA genômico (chamado de alvo) sob condições de alta severidade. A hibridização sonda-alvo é geralmente detectada e quantificada por detecção baseada em fluorescência de alvos marcados com fluoróforo. Qualquer uma de uma classe de enzimas que sintetiza moléculas de DNA a partir de desoxirribonucleotídeos individuais. As DNA polimerases são essenciais para a replicação do DNA e geralmente funcionam em pares para criar cópias idênticas das duas fitas de uma molécula original de fita dupla. Eles constroem longas cadeias de DNA adicionando nucleotídeos um de cada vez à extremidade 3 'de uma fita de DNA, geralmente contando com o modelo fornecido pela fita complementar para copiar a sequência de nucleotídeos fielmente. Conjunto de processos pelos quais uma célula identifica e corrige danos estruturais ou mutações nas moléculas de DNA que codificam seu genoma. A capacidade de uma célula de reparar seu DNA é vital para a integridade do genoma e a funcionalidade normal do organismo. O processo pelo qual uma molécula de DNA se copia, produzindo duas cópias idênticas de uma molécula de DNA original. O processo de determinar, por qualquer um de uma variedade de métodos e tecnologias diferentes, a ordem das bases na longa cadeia de nucleotídeos que constitui uma sequência de DNA. Uma relação entre os alelos de um gene em que um alelo produz um efeito no fenótipo que supera ou "mascara" a contribuição de outro alelo no mesmo locus, o primeiro alelo e seu traço fenotípico associado são considerados dominante, e o segundo alelo e seu traço associado são considerados recessivo . Freqüentemente, o alelo dominante codifica uma proteína funcional, enquanto sua contraparte recessiva não. A dominância não é uma propriedade inerente a qualquer alelo ou fenótipo, mas simplesmente descreve sua relação com um ou mais outros alelos ou fenótipos, sendo possível que um alelo seja simultaneamente dominante sobre um segundo alelo, recessivo para um terceiro e codominante para um quarto . Em abreviatura genética, os alelos dominantes são frequentemente representados por uma única letra maiúscula (por exemplo, "A", em contraste com o recessivo "a"). Qualquer mecanismo pelo qual os organismos neutralizam a grande diferença na dosagem do gene causada pela presença de diferentes números de cromossomos sexuais nos diferentes sexos, equalizando assim a expressão de genes ligados ao sexo de modo que os membros de cada sexo recebam quantidades iguais ou semelhantes de os produtos de tais genes. Um exemplo é a inativação do X em mamíferos fêmeas. Qualquer molécula de DNA composta por dois polímeros de nucleotídeos complementares antiparalelos, ou "fitas", que são unidos por pontes de hidrogênio entre as nucleobases complementares. Embora seja possível que o DNA exista como uma fita simples, geralmente é mais estável e mais comum na forma de fita dupla. Na maioria dos casos, o emparelhamento de bases complementares faz com que as fitas gêmeas se enrolem na forma de uma dupla hélice.

Também chamado repressão ou supressão.

Qualquer processo, natural ou artificial, que diminua o nível de expressão gênica de um determinado gene. Um gene que é observado ser expresso em níveis relativamente baixos (como por meio da detecção de níveis mais baixos de seus transcritos de mRNA) em uma amostra em comparação com outra amostra é dito ser regulado para baixo. Contraste suprarregulação . Próximo ou próximo da extremidade 3 'de uma cadeia de nucleotídeos. Contraste rio acima .

Também chamado de construção de expressão.

Um tipo de vetor, geralmente um plasmídeo ou vetor viral, projetado especificamente para a expressão de uma inserção de transgene em uma célula alvo, em vez de para alguma outra finalidade, como clonagem. Para um determinado genótipo associado a um fenótipo não binário variável, a proporção de indivíduos com aquele genótipo que mostram ou expressam o fenótipo em uma extensão especificada, geralmente fornecida como uma porcentagem. Por causa das muitas interações complexas que governam a expressão gênica, o mesmo alelo pode produzir uma grande variedade de fenótipos possíveis de qualidades ou graus diferentes em indivíduos diferentes em tais casos, tanto o fenótipo quanto o genótipo podem ser considerados expressividade variável. A expressividade tenta quantificar a gama de níveis possíveis de variação fenotípica em uma população de indivíduos que expressam o fenótipo de interesse. Comparar penetrância .

Também chamado DNA extranuclear ou DNA citoplasmático.

Qualquer DNA que não seja encontrado nos cromossomos ou no núcleo de uma célula e, portanto, não seja DNA genômico. Isso pode incluir o DNA contido em plasmídeos ou organelas, como mitocôndrias ou cloroplastos, ou, no sentido mais amplo, DNA introduzido por infecção viral. O DNA extracromossômico geralmente mostra diferenças estruturais significativas do DNA nuclear no mesmo organismo.

Anteriormente conhecido pela abreviatura MGED.

Uma organização que trabalha com outros "para desenvolver padrões para a qualidade, anotação e troca de dados de pesquisa biológica", bem como ferramentas de software que facilitam seu uso. [5]

Também Bandagem de Giemsa ou G-banding.

Técnica usada em citogenética para produzir um cariótipo visível pela coloração dos cromossomos condensados ​​com a coloração de Giemsa. A coloração produz padrões consistentes e identificáveis ​​de "bandas" claras e escuras em regiões da cromatina, o que permite que cromossomos específicos sejam facilmente distinguidos. Qualquer segmento ou conjunto de segmentos de uma molécula de ácido nucleico que contenha as informações necessárias para produzir um transcrito de RNA funcional de maneira controlada. Em organismos vivos, os genes são frequentemente considerados as unidades fundamentais da hereditariedade e são normalmente codificados no DNA. Um determinado gene pode ter várias versões ou alelos diferentes, e um único gene pode resultar em um produto gênico que influencia muitos fenótipos diferentes. O número de cópias de um determinado gene presente em um genoma. A dosagem do gene influencia diretamente a quantidade de produto do gene que uma célula é capaz de expressar, embora uma variedade de controles tenham evoluído que regulam rigidamente a expressão do gene. Mudanças na dosagem do gene causadas por mutações incluem variações no número de cópias.

Também chamado amplificação de gene.

Um tipo de mutação definida como qualquer duplicação de uma região do DNA que contém um gene. Comparar duplicação cromossômica . Processo pelo qual a informação codificada em um gene é convertida em uma forma útil para a célula. A primeira etapa é a transcrição, que produz uma molécula de RNA mensageiro complementar à molécula de DNA na qual o gene está codificado. Para genes que codificam proteínas, a segunda etapa é a tradução, na qual o RNA mensageiro é lido pelo ribossomo para produzir uma proteína. Um banco de dados para expressão de genes gerenciado pelo National Center for Biotechnology Information. Esses dados genômicos funcionais de alto rendimento são derivados de dados experimentais de chips e sequenciamento de última geração. [6] [7] Qualquer um de uma variedade de métodos usados ​​para identificar com precisão a localização de um determinado gene dentro de uma molécula de DNA (como um cromossomo) e / ou as distâncias físicas ou de ligação entre ele e outros genes. A soma de todos os vários alelos compartilhados pelos membros de uma única população. Qualquer material bioquímico resultante da expressão de um gene, mais frequentemente interpretado como o transcrito funcional do mRNA produzido pela transcrição do gene ou a proteína totalmente construída produzida pela tradução do transcrito. Uma medida da quantidade de um determinado produto gênico que é detectável em uma célula ou tecido é às vezes usada para inferir o quão ativo é o gene correspondente. A ampla gama de mecanismos usados ​​pelas células para aumentar ou diminuir a produção ou expressão de produtos de genes específicos, como RNA ou proteínas. A regulação gênica aumenta a versatilidade e adaptabilidade de um organismo, permitindo que suas células expressem diferentes produtos gênicos quando exigido por mudanças em seu ambiente. Em organismos multicelulares, a regulação da expressão gênica também impulsiona a diferenciação e morfogênese celular no embrião, permitindo a criação de uma variedade de tipos de células do mesmo genoma. Qualquer mecanismo de regulação gênica que reduz drasticamente ou impede completamente a expressão de um determinado gene. O silenciamento de genes pode ocorrer naturalmente durante a transcrição ou tradução. As técnicas de laboratório frequentemente exploram mecanismos de silenciamento natural para atingir o knockdown do gene. Uma tecnologia de alto rendimento usada para simultaneamente inativar, identificar e relatar a expressão de um gene alvo em um genoma de mamífero através da introdução de uma mutação de inserção que consiste em um gene repórter sem promotor e / ou um marcador genético selecionável flanqueado por um local de splice a montante e um sequência de terminação poliadenilada a jusante. A coocorrência dentro de uma população de um ou mais alelos ou genótipos com um traço fenotípico particular mais frequentemente do que poderia ser esperado apenas pelo acaso, tal correlação estatística pode ser usada para inferir que os alelos ou genótipos são responsáveis ​​pela produção do fenótipo dado. Um conjunto de regras pelas quais as informações codificadas nos ácidos nucléicos são traduzidas em proteínas pelas células vivas. Essas regras definem como as sequências de tripletos de nucleotídeos chamados códons especificam qual aminoácido será adicionado a seguir durante a síntese de proteínas. A grande maioria dos organismos vivos usa o mesmo código genético (às vezes chamado de código genético "padrão"), mas existem códigos variantes. O processo de aconselhar indivíduos ou famílias afetadas ou em risco de desenvolver distúrbios genéticos, a fim de ajudá-los a compreender e se adaptar às implicações fisiológicas, psicológicas e familiares das contribuições genéticas para as doenças. O aconselhamento genético integra testes genéticos, genealogia genética e epidemiologia genética. [8] Uma medida da divergência genética entre espécies, populações dentro de uma espécie ou indivíduos, usada especialmente em filogenética para expressar o tempo decorrido desde a existência de um ancestral comum ou o grau de diferenciação nas sequências de DNA que compreendem os genomas de cada população ou indivíduo.

Às vezes usado de forma intercambiável com variação genética .

O número total de traços genéticos ou características na composição genética de uma população, espécie ou outro grupo de organismos. Muitas vezes é usado como uma medida da adaptabilidade de um grupo a ambientes em mudança. A diversidade genética é semelhante, embora distinta da variabilidade genética.

Também chamado deriva alélica ou o Efeito Sewall Wright.

Uma mudança na frequência com que um alelo existente ocorre em uma população devido à variação aleatória na distribuição de alelos de uma geração para a seguinte. Muitas vezes é interpretado como o papel que o acaso aleatório desempenha em determinar se um determinado alelo se torna mais ou menos comum a cada geração, independentemente da influência da seleção natural. A deriva genética pode fazer com que certos alelos, mesmo os de outra forma vantajosos, desapareçam completamente do pool genético, reduzindo assim a variação genética, ou pode fazer com que alelos inicialmente raros, mesmo neutros ou deletérios, se tornem muito mais frequentes ou mesmo fixos.

Também chamado modificação genética ou manipulação genética.

A manipulação direta e deliberada do material genético de um organismo usando qualquer um de uma variedade de métodos de biotecnologia, incluindo a inserção ou remoção de genes, a transferência de genes dentro e entre as espécies, a mutação de sequências existentes e a construção de novas sequências usando síntese de genes. A engenharia genética abrange um amplo conjunto de tecnologias pelas quais a composição genética de células individuais, tecidos ou organismos inteiros pode ser alterada para vários fins, geralmente a fim de estudar as funções e expressão de genes individuais, para produzir hormônios, vacinas e outros drogas, e para criar organismos geneticamente modificados para uso em pesquisa e agricultura. O uso de testes de DNA genealógico em combinação com métodos genealógicos tradicionais para inferir o nível e tipo de relações genéticas entre indivíduos, encontrar ancestrais e construir árvores genealógicas, genogramas ou outros gráficos genealógicos.

Também chamado esboço genético ou o efeito de carona.

Um tipo de seleção ligada pela qual a seleção positiva de um alelo submetido a uma varredura seletiva faz com que alelos para diferentes genes em loci próximos também mudem de frequência, permitindo-lhes "pegar carona" para a fixação junto com o alelo selecionado positivamente. Se a seleção no primeiro locus for forte o suficiente, alelos neutros ou mesmo ligeiramente deletérios dentro do mesmo grupo de ligação podem sofrer a mesma seleção positiva porque a distância física entre os loci próximos é pequena o suficiente para que um evento de recombinação seja improvável de ocorrer entre eles. A carona genética é frequentemente considerada o oposto da seleção de plano de fundo. Um gene específico, facilmente identificável e geralmente altamente polimórfico ou outra sequência de DNA com uma localização conhecida em um cromossomo que pode ser usada para identificar o indivíduo ou espécie que o possui. Qualquer rearranjo ou troca de material genético dentro de um organismo individual ou entre indivíduos da mesma espécie ou de espécies diferentes, especialmente aquele que cria variação genética. No sentido mais amplo, o termo abrange uma classe diversa de mecanismos de ocorrência natural pelos quais as sequências de ácido nucleico são copiadas ou fisicamente transferidas para diferentes ambientes genéticos, incluindo recombinação homóloga durante a meiose ou mitose ou como uma parte normal de eventos de transferência de gene horizontal de reparo de DNA, como como conjugação bacteriana, transdução viral ou transformação ou erros na replicação do DNA ou divisão celular. A recombinação artificial é central para muitas técnicas de engenharia genética que produzem DNA recombinante. Um gráfico que representa a complexidade regulatória da expressão gênica. Os vértices (nós) são representados por vários elementos reguladores e produtos gênicos, enquanto as arestas (links) são representados por suas interações. Essas estruturas de rede também representam relações funcionais, aproximando a taxa na qual os genes são transcritos.

Também chamado Teste de DNA ou rastreio genético.

Uma ampla classe de vários procedimentos usados ​​para identificar características de cromossomos, genes ou proteínas particulares de um indivíduo a fim de determinar parentesco ou ancestralidade, diagnosticar vulnerabilidades a doenças hereditárias ou detectar alelos mutantes associados a riscos aumentados de desenvolvimento de doenças genéticas. Os testes genéticos são amplamente utilizados na medicina humana, agricultura e pesquisa biológica.

Às vezes usado de forma intercambiável com variação genética .

A formação ou a presença de indivíduos com genótipo diferente dentro de uma população ou outro grupo de organismos, em oposição a indivíduos com diferenças induzidas pelo ambiente, que causam apenas mudanças temporárias e não hereditárias no fenótipo. Exceto por outras limitações, uma população com alta variabilidade genética tem um potencial maior para uma adaptação bem-sucedida às mudanças nas condições ambientais do que uma população com baixa variabilidade genética. A variabilidade genética é semelhante, embora distinta da diversidade genética.

Às vezes usado de forma intercambiável com diversidade genética e variabilidade genética .

As diferenças genéticas dentro e entre populações, espécies ou outros grupos de organismos. Freqüentemente, é visualizado como a variedade de diferentes alelos nos pools de genes de diferentes populações. Qualquer organismo cujo material genético tenha sido alterado por meio de técnicas de engenharia genética, particularmente de uma forma que não ocorra naturalmente por acasalamento ou por recombinação genética natural. O campo da biologia que estuda genes, variação genética e hereditariedade em organismos vivos. Todo o complemento de material genético contido nos cromossomos de um organismo, organela ou vírus. O termo também é usado para se referir ao conjunto coletivo de loci genéticos compartilhados por cada membro de uma população ou espécie, independentemente dos diferentes alelos que podem estar presentes nesses loci em diferentes indivíduos. A quantidade total de DNA contido em uma cópia de um genoma, normalmente medido pela massa (em picogramas ou daltons) ou pelo número total de pares de bases (em quilobases ou megabases). Para organismos diplóides, o tamanho do genoma é frequentemente usado de forma intercambiável com o valor C.

Também chamado DNA cromossômico.

O DNA contido nos cromossomos, ao contrário do DNA extracromossômico contido em estruturas separadas, como plasmídeos ou organelas, como mitocôndrias ou cloroplastos. Fenômeno epigenético que faz com que os genes sejam expressos de uma maneira dependente do pai específico do qual o gene foi herdado. Ocorre quando marcas epigenéticas como DNA ou metilação de histonas são estabelecidas ou "impressas" nas células germinativas de um organismo parental e, posteriormente, mantidas através de divisões celulares nas células somáticas da progênie do organismo, como resultado, um gene na progênie que foi herdado do pai pode ser expresso de forma diferente de outra cópia do mesmo gene que foi herdada da mãe.Um campo interdisciplinar que estuda a estrutura, função, evolução, mapeamento e edição de genomas inteiros, em oposição a genes individuais. A capacidade de certos agentes químicos de causar danos ao material genético dentro de uma célula viva (por exemplo, por meio de quebras de fita simples ou dupla, reticulação ou mutações pontuais), que pode ou não resultar em uma mutação permanente. Embora todos os mutagênicos sejam genotóxicos, nem todos os compostos genotóxicos são mutagênicos. Todo o complemento de alelos presentes no genoma de um determinado indivíduo, que dá origem ao fenótipo do indivíduo. O processo de determinar diferenças no genótipo de um indivíduo examinando as sequências de DNA no genoma do indivíduo usando bioensaios e comparando-as com as sequências de outro indivíduo ou uma sequência de referência. Qualquer célula biológica que dá origem aos gametas de um organismo que se reproduz sexualmente. As células germinativas são os vasos para o material genético que, em última análise, será transmitido aos descendentes do organismo e geralmente se distinguem das células somáticas, que são inteiramente separadas da linhagem germinativa. 1. Em organismos multicelulares, a população de células que são capazes de transmitir seu material genético à progênie do organismo e, portanto, (pelo menos teoricamente) são distintas das células somáticas. As células da linha germinativa são chamadas células germinativas . 2. A linhagem de células germinativas, abrangendo muitas gerações, que contém o material genético que foi transmitido a um indivíduo por seus ancestrais.

Abreviado em taquigrafia com a letra G .

Uma das quatro principais nucleobases presentes no DNA e no RNA. A guanina forma um par de bases com a citosina.

Também abreviado GC-content.

A proporção de bases nitrogenadas em um ácido nucleico que são guanina (G) ou citosina (C), normalmente expressa como uma porcentagem. As moléculas de DNA e RNA com maior conteúdo de GC são geralmente mais termoestáveis ​​do que aquelas com menor conteúdo de GC devido às interações moleculares que ocorrem durante o empilhamento de bases. [9]

Denotado abreviadamente com o número somático n.

(de uma célula ou organismo) Ter uma cópia de cada cromossomo, com cada cópia não sendo parte de um par. Contraste diplóide e poliplóide . Um conjunto de alelos em um organismo individual que foram herdados juntos de um único pai. Em um organismo diplóide, ter apenas um alelo em um determinado locus genético (onde normalmente haveria dois). A hemizigosidade pode ser observada quando apenas uma cópia de um cromossomo está presente em uma célula ou organismo normalmente diplóide, ou quando um segmento de um cromossomo contendo uma cópia de um alelo é deletado, ou quando um gene está localizado em um cromossomo sexual no grupo heterogamético sexo (em que os cromossomos sexuais não existem em pares correspondentes) por exemplo, em homens humanos com cromossomos normais, quase todos os genes ligados ao X são considerados hemizigóticos porque há apenas um cromossomo X e poucos dos mesmos genes existem em o cromossomo Y.

Também chamado herança.

A transmissão de traços fenotípicos dos pais para seus filhos, seja por meio da reprodução sexuada ou assexuada. Diz-se que células ou organismos descendentes herdar a informação genética de seus pais. 1. A capacidade de ser herdado. 2. Uma estatística usada em genética quantitativa que estima a proporção de variação dentro de um dado traço fenotípico que é devido à variação genética entre indivíduos em uma determinada população. A herdabilidade é estimada comparando os fenótipos individuais de indivíduos intimamente relacionados na população. Ver alossomo . A expressão de um gene estranho ou qualquer outra sequência de DNA dentro de um organismo hospedeiro que não contém naturalmente o mesmo gene. A inserção de transgenes estranhos em hospedeiros heterólogos usando vetores recombinantes é um método de biotecnologia comum para estudar a estrutura e função do gene.

Também chamado vigor híbrido e aprimoramento da exogamia.

Em um organismo diplóide, tendo dois alelos diferentes em um determinado locus genético. Em abreviatura genética, os genótipos heterozigotos são representados por um par de letras ou símbolos não correspondentes, geralmente uma letra maiúscula (indicando um alelo dominante) e uma letra minúscula (indicando um alelo recessivo), como "Aa" ou "Bb". Contraste homozigoto . Qualquer uma das classes de proteínas altamente alcalinas responsáveis ​​pelo empacotamento do DNA nuclear em unidades estruturais chamadas nucleossomos nas células eucarióticas. As histonas são os principais componentes proteicos da cromatina, onde se associam em complexos que atuam como "carretéis" em torno dos quais a molécula linear de DNA se enrola. Eles desempenham um papel importante na regulação e expressão gênica.

Também chamado homólogos.

Um conjunto de dois cromossomos correspondentes, um materno e outro paterno, que se emparelham dentro do núcleo durante a meiose. Eles têm os mesmos genes nos mesmos loci, mas podem ter alelos diferentes. Um tipo de recombinação genética em que sequências de nucleotídeos são trocadas entre duas moléculas de DNA semelhantes ou idênticas ("homólogas"), especialmente aquela que ocorre entre cromossomos homólogos. O termo pode se referir à recombinação que ocorre como parte de qualquer um de uma série de processos celulares distintos, mais comumente reparo de DNA ou cruzamento cromossômico durante a meiose em eucariotos e transferência horizontal de genes em procariotos. Contraste recombinação não homóloga . Em um organismo diplóide, tendo dois alelos idênticos em um determinado locus genético. Em abreviatura genética, os genótipos homozigotos são representados por um par de letras ou símbolos correspondentes, como "AA" ou "aa". Contraste heterozigoto . Qualquer gene constitutivo que é transcrito em um nível relativamente constante em muitas ou todas as condições conhecidas. Os produtos desse gene normalmente servem a funções críticas para a manutenção da célula. É geralmente assumido que sua expressão não é afetada pelas condições experimentais. A prole que resulta da combinação das qualidades de dois organismos de diferentes gêneros, espécies, raças ou variedades por meio da reprodução sexuada. Os híbridos podem ocorrer naturalmente ou artificialmente, como durante a reprodução seletiva de animais e plantas domesticados. Barreiras reprodutivas normalmente evitam a hibridização entre organismos distantemente relacionados, ou pelo menos garantem que a prole híbrida seja estéril, mas híbridos férteis podem resultar em especiação. 1. O processo pelo qual um organismo híbrido é produzido a partir de dois organismos de diferentes gêneros, espécies, raças ou variedades. 2. O processo pelo qual um DNA de fita simples ou preparação de RNA é adicionado a uma superfície de array, em solução, e potencialmente se emparelha com a sonda complementar. Observe que, com relação a um ensaio de expressão gênica, a hibridização se refere a uma etapa do paradigma experimental, enquanto na biologia molecular ou genética, o termo se refere ao processo químico.

Também chamado hibridização introgressiva.

O movimento de um gene do pool genético de uma população ou espécie para o de outra população por retrocruzamento repetido de híbridos das duas populações com uma das populações parentais. A introgressão é uma fonte ubíqua e importante de variação genética em populações naturais, mas também pode ser praticada intencionalmente no cultivo de plantas e animais domesticados. Qualquer sequência de nucleotídeos dentro de um gene que é removida por splicing de RNA durante a modificação pós-transcricional do transcrito primário do mRNA e, portanto, está ausente do mRNA maduro final. O termo se refere tanto à sequência como ela existe dentro de uma molécula de DNA quanto à sequência correspondente em transcritos de RNA. Contraste exon . Tipo de cromossomo anormal no qual os braços do cromossomo são imagens espelhadas um do outro. A formação de isocromossomos é equivalente a eventos simultâneos de duplicação e exclusão, de modo que duas cópias do braço longo ou do braço curto constituem o cromossomo resultante.


Conteúdo

Polimorfismos de nucleotídeo único podem cair em sequências codificantes de genes, regiões não codificantes de genes ou nas regiões intergênicas (regiões entre genes). SNPs dentro de uma sequência de codificação não alteram necessariamente a sequência de aminoácidos da proteína que é produzida, devido à degenerescência do código genético.

SNPs na região de codificação são de dois tipos: SNPs sinônimos e não-sinônimos. SNPs sinônimos não afetam a sequência da proteína, enquanto SNPs não sinônimos alteram a sequência de aminoácidos da proteína.

  • SNPs em regiões não codificantes podem se manifestar em um maior risco de câncer, [11] e podem afetar a estrutura do mRNA e a suscetibilidade à doença. [12] SNPs não codificantes também podem alterar o nível de expressão de um gene, como um eQTL (locus de traço quantitativo de expressão).
  • SNPs em regiões de codificação:
      por definição, não resultam em uma mudança de aminoácido na proteína, mas ainda podem afetar sua função de outras maneiras. Um exemplo seria uma mutação aparentemente silenciosa no gene 1 de resistência a múltiplas drogas (MDR1), que codifica uma bomba de membrana celular que expele drogas da célula, pode retardar a tradução e permitir que a cadeia de peptídeo se dobre em uma conformação incomum, causando o bomba mutante para ser menos funcional (na proteína MDR1, por exemplo, polimorfismo C1236T altera um códon GGC para GGT na posição de aminoácido 412 do polipeptídeo (ambos codificam glicina) e o polimorfismo C3435T altera ATC para ATT na posição 1145 (ambos codificam isoleucina)). [13]:
        - mudança única na base resulta em mudança no aminoácido da proteína e seu mau funcionamento que leva à doença (por exemplo, SNP 1580G & gtT no gene LMNA - posição 1580 (nt) na sequência de DNA (códon CGT) fazendo com que a guanina seja substituída pelo timina, produzindo códon CTT na sequência de DNA, resulta no nível da proteína na substituição da arginina pela leucina na posição 527, [14] no nível do fenótipo, isso se manifesta na sobreposição de displasia mandibuloacral e síndrome de progéria) - mutação pontual em uma sequência de DNA que resulta em um códon de parada prematuro, ou um códon absurdo no mRNA transcrito e em um produto de proteína truncado, incompleto e geralmente não funcional (por exemplo, fibrose cística causada pela mutação G542X no gene regulador da condutância transmembrana da fibrose cística). [15]
  • SNPs que não estão em regiões codificadoras de proteínas ainda podem afetar o splicing do gene, a ligação do fator de transcrição, a degradação do RNA mensageiro ou a sequência do RNA não codificador. A expressão gênica afetada por este tipo de SNP é chamada de eSNP (expressão SNP) e pode estar a montante ou a jusante do gene.

    Mais de 335 milhões de SNPs foram encontrados em humanos de várias populações. Um genoma típico difere do genoma humano de referência em 4 a 5 milhões de locais, a maioria dos quais (mais de 99,9%) consiste em SNPs e indels curtos. [16]

    Dentro de uma edição do genoma

    A distribuição genômica dos SNPs não é homogênea SNPs ocorrem em regiões não codificantes com mais frequência do que em regiões codificantes ou, em geral, onde a seleção natural está agindo e "fixando" o alelo (eliminando outras variantes) do SNP que constitui o mais favorável adaptação genética. [17] Outros fatores, como recombinação genética e taxa de mutação, também podem determinar a densidade SNP. [18]

    A densidade SNP pode ser prevista pela presença de microssatélites: microssatélites AT em particular são preditores potentes de densidade SNP, com longos tratos de repetição (AT) (n) tendendo a ser encontrados em regiões de densidade SNP significativamente reduzida e baixo conteúdo de GC. [19]

    Dentro de uma população Editar

    Existem variações entre as populações humanas, portanto, um alelo SNP comum em um grupo geográfico ou étnico pode ser muito mais raro em outro. No entanto, esse padrão de variação é relativamente raro em uma amostra global de 67,3 milhões de SNPs, o Projeto de Diversidade do Genoma Humano

    não encontraram tais variantes privadas que são fixadas em um determinado continente ou região principal. As frequências mais altas são alcançadas por algumas dezenas de variantes presentes em & gt70% (e alguns milhares em & gt50%) na África, nas Américas e na Oceania. Em contraste, as variantes de frequência mais altas privadas para a Europa, Ásia Oriental, Oriente Médio ou Ásia Central e do Sul chegam a apenas 10 a 30%. [20]

    Dentro de uma população, os SNPs podem ser atribuídos a uma frequência de alelo menor - a frequência de alelo mais baixa em um locus que é observado em uma determinada população. [21] Esta é simplesmente a menor das duas frequências de alelos para polimorfismos de nucleotídeo único.

    Com esse conhecimento, os cientistas desenvolveram novos métodos de análise de estruturas populacionais em espécies menos estudadas. [22] [23] [24] Com o uso de técnicas de agrupamento, o custo da análise é reduzido significativamente. [ citação necessária ] Essas técnicas são baseadas no sequenciamento de uma população em uma amostra combinada, em vez de sequenciar cada indivíduo dentro da população por si só. Com as novas ferramentas de bioinformática, existe a possibilidade de investigar a estrutura da população, o fluxo gênico e a migração gênica, observando as frequências alélicas em toda a população. Com estes protocolos existe a possibilidade de combinar as vantagens dos SNPs com marcadores de micro satélites. [25] [26] No entanto, há informações perdidas no processo, como desequilíbrio de ligação e informações de zigosidade.

      pode determinar se uma variante genética está associada a uma doença ou característica. [27]
    • Um SNP tag é um polimorfismo de nucleotídeo único representativo em uma região do genoma com alto desequilíbrio de ligação (a associação não aleatória de alelos em dois ou mais loci). Tag SNPs são úteis em estudos de associação de SNPs do genoma completo, nos quais centenas de milhares de SNPs em todo o genoma são genotipados. mapeamento: conjuntos de alelos ou sequências de DNA podem ser agrupados de forma que um único SNP possa identificar muitos SNPs vinculados. (LD), um termo usado em genética de populações, indica associação não aleatória de alelos em dois ou mais loci, não necessariamente no mesmo cromossomo. Refere-se ao fenômeno de que o alelo SNP ou a sequência de DNA que estão próximos no genoma tendem a ser herdados juntos. O LD pode ser afetado por dois parâmetros (entre outros fatores, como estratificação da população): 1) A distância entre os SNPs [quanto maior a distância, menor o LD]. 2) Taxa de recombinação [quanto menor a taxa de recombinação, maior o LD]. [28]

    Edição de Importância

    Variações nas sequências de DNA de humanos podem afetar o modo como os humanos desenvolvem doenças e respondem a patógenos, produtos químicos, drogas, vacinas e outros agentes. Os SNPs também são essenciais para a medicina personalizada. [29] Os exemplos incluem pesquisa biomédica, forense, farmacogenética e causalidade da doença, conforme descrito abaixo.

    Pesquisa clínica Editar

    A maior importância dos SNPs na pesquisa clínica é a comparação de regiões do genoma entre coortes (como coortes correspondentes com e sem doença) em estudos de associação de todo o genoma. SNPs têm sido usados ​​em estudos de associação do genoma como marcadores de alta resolução no mapeamento de genes relacionados a doenças ou traços normais. [30] SNPs sem um impacto observável no fenótipo (as chamadas mutações silenciosas) ainda são úteis como marcadores genéticos em estudos de associação do genoma, por causa de sua quantidade e da herança estável ao longo das gerações. [31]

    Edição Forense

    Os SNPs têm sido usados ​​historicamente para comparar uma amostra de DNA forense a um suspeito, mas tornaram-se obsoletos devido ao avanço das técnicas de impressão digital de DNA baseadas em STR. No entanto, o desenvolvimento da tecnologia de sequenciamento de próxima geração (NGS) pode permitir mais oportunidades para o uso de SNPs em pistas fenotípicas, como etnia, cor do cabelo e cor dos olhos com uma boa probabilidade de correspondência. Isso também pode ser aplicado para aumentar a precisão das reconstruções faciais, fornecendo informações que podem ser desconhecidas, e essas informações podem ser usadas para ajudar a identificar suspeitos, mesmo sem uma correspondência de perfil de DNA de STR.

    Alguns contras de usar SNPs versus STRs é que SNPs geram menos informações do que STRs e, portanto, mais SNPs são necessários para análise antes que um perfil de um suspeito seja criado. Além disso, os SNPs dependem fortemente da presença de um banco de dados para análise comparativa de amostras. No entanto, em casos com amostras degradadas ou de pequeno volume, as técnicas SNP são uma excelente alternativa aos métodos STR. SNPs (ao contrário de STRs) têm uma abundância de marcadores potenciais, podem ser totalmente automatizados e uma possível redução do comprimento do fragmento necessário para menos de 100 bp. [26]

    Farmacogenética Editar

    Alguns SNPs estão associados ao metabolismo de diferentes drogas. [32] [33] SNPs podem ser mutações, como deleções, que podem inibir ou promover a atividade enzimática, tal mudança na atividade enzimática pode levar à diminuição das taxas de metabolismo de drogas [34] A associação de uma ampla gama de doenças humanas, como câncer, doenças infecciosas (AIDS, hanseníase, hepatite, etc.) autoimunes, neuropsiquiátricas e muitas outras doenças com diferentes SNPs podem ser feitas como alvos farmacogenômicos relevantes para a terapia medicamentosa. [35]

    Disease Edit

    Um único SNP pode causar uma doença Mendeliana, embora, para doenças complexas, os SNPs geralmente não funcionem individualmente; em vez disso, funcionam em coordenação com outros SNPs para manifestar uma doença como na Osteoporose. [33] Um dos primeiros sucessos nesse campo foi encontrar uma mutação de base única na região não codificadora do APOC3 (gene da apolipoproteína C3) associada a riscos mais elevados de hipertrigliceridemia e aterosclerose. [34] Algumas doenças causadas por SNPs incluem artrite reumatóide, doença de Crohn, câncer de mama, Alzheimer e alguns distúrbios autoimunes. Estudos de associação em grande escala foram realizados para tentar descobrir SNPs causadores de doenças adicionais em uma população, mas um grande número deles ainda é desconhecido.

      e rs6313 são SNPs no gene do receptor da serotonina 5-HT2A no cromossomo 13 humano. [36]
    • Um SNP no F5 gene causa trombofilia do Fator V de Leiden. [37] é um exemplo de SNP trialélico no gene CRP no cromossomo humano 1. [38] codifica a capacidade de degustação de PTC e contém 6 SNPs anotados. [39]
    • rs148649884 e rs138055828 no FCN1 o gene que codifica a M-ficolina prejudicou a capacidade de ligação ao ligante da M-ficolina recombinante. [40]
    • Um SNP intrônico no gene de reparo de incompatibilidade de DNA PMS2 (rs1059060, Ser775Asn) está associado ao aumento dos danos ao espermDNA e ao risco de infertilidade masculina. [41]

    Como existem para genes, existem bancos de dados de bioinformática para SNPs.

    • dbSNP é um banco de dados SNP do National Center for Biotechnology Information (NCBI). Em 8 de junho de 2015 [atualização], o dbSNP listou 149.735.377 SNPs em humanos. [42] [43]
    • Kaviar[44] é um compêndio de SNPs de várias fontes de dados, incluindo dbSNP.
    • SNPedia é um banco de dados no estilo wiki que oferece suporte à anotação, interpretação e análise do genoma pessoal.
    • o OMIM banco de dados descreve a associação entre polimorfismos e doenças (por exemplo, dá doenças na forma de texto)
    • dbSAP - banco de dados de polimorfismo de aminoácido único para detecção de variação de proteína [45]
    • O banco de dados de mutações genéticas humanas fornece mutações genéticas que causam ou estão associadas a doenças hereditárias humanas e SNPs funcionais
    • O International HapMap Project, onde os pesquisadores estão identificando Tag SNPs para poderem determinar a coleção de haplótipos presentes em cada sujeito. permite que os usuários interroguem visualmente os dados reais de associação de nível de resumo em um ou mais estudos de associação de todo o genoma.

    O grupo de trabalho International SNP Map mapeou a sequência que flanqueia cada SNP por alinhamento com a sequência genômica de clones de inserção grande no Genebank. Esses alinhamentos foram convertidos em coordenadas cromossômicas que são mostradas na Tabela 1. [46] Essa lista aumentou muito desde, por exemplo, o banco de dados Kaviar agora listando 162 milhões de variantes de nucleotídeo único (SNVs).

    Cromossoma Comprimento (bp) Todos os SNPs SNPs TSC
    SNPs totais kb por SNP SNPs totais kb por SNP
    1 214,066,000 129,931 1.65 75,166 2.85
    2 222,889,000 103,664 2.15 76,985 2.90
    3 186,938,000 93,140 2.01 63,669 2.94
    4 169,035,000 84,426 2.00 65,719 2.57
    5 170,954,000 117,882 1.45 63,545 2.69
    6 165,022,000 96,317 1.71 53,797 3.07
    7 149,414,000 71,752 2.08 42,327 3.53
    8 125,148,000 57,834 2.16 42,653 2.93
    9 107,440,000 62,013 1.73 43,020 2.50
    10 127,894,000 61,298 2.09 42,466 3.01
    11 129,193,000 84,663 1.53 47,621 2.71
    12 125,198,000 59,245 2.11 38,136 3.28
    13 93,711,000 53,093 1.77 35,745 2.62
    14 89,344,000 44,112 2.03 29,746 3.00
    15 73,467,000 37,814 1.94 26,524 2.77
    16 74,037,000 38,735 1.91 23,328 3.17
    17 73,367,000 34,621 2.12 19,396 3.78
    18 73,078,000 45,135 1.62 27,028 2.70
    19 56,044,000 25,676 2.18 11,185 5.01
    20 63,317,000 29,478 2.15 17,051 3.71
    21 33,824,000 20,916 1.62 9,103 3.72
    22 33,786,000 28,410 1.19 11,056 3.06
    X 131,245,000 34,842 3.77 20,400 6.43
    Y 21,753,000 4,193 5.19 1,784 12.19
    RefSeq 15,696,674 14,534 1.08
    Totais 2,710,164,000 1,419,190 1.91 887,450 3.05

    A nomenclatura para SNPs inclui várias variações para um SNP individual, embora falte um consenso comum.

    O padrão rs ### é aquele que vem sendo adotado pelo dbSNP e usa o prefixo "rs", para "referência SNP", seguido por um número único e arbitrário. [47] SNPs são freqüentemente referidos por seu número rs dbSNP, como nos exemplos acima.

    A Human Genome Variation Society (HGVS) usa um padrão que transmite mais informações sobre o SNP. Exemplos são:

    • c.76A & gtT: "c." para a região de codificação, seguido por um número para a posição do nucleotídeo, seguido por uma abreviatura de uma letra para o nucleotídeo (A, C, G, T ou U), seguido por um sinal maior que ("& gt") para indicar substituição, seguida pela abreviatura do nucleotídeo que substitui o anterior [48] [49] [50]
    • p.Ser123Arg: "p." para proteína, seguida por uma abreviatura de três letras para o aminoácido, seguida por um número para a posição do aminoácido, seguido pela abreviatura do aminoácido que substitui o primeiro. [51]

    SNPs podem ser facilmente testados devido a conter apenas dois alelos possíveis e três genótipos possíveis envolvendo os dois alelos: homozigoto A, homozigoto B e heterozigoto AB, levando a muitas técnicas possíveis para análise. Alguns incluem: sequenciamento de DNA eletroforese capilar espectrometria de massa polimorfismo de conformação de fita simples (SSCP) análise eletroquímica de extensão de base única HPLC desnaturante e polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição de eletroforese em gel e análise de hibridização.


    Conclusão

    Neste artigo, propomos uma nova abordagem de detecção de SV baseada em leitura longa, cuteSV. Ele permite a análise completa das assinaturas complexas de VVs implícitas nos alinhamentos de leitura. Os resultados de benchmark demonstram que o cuteSV atinge bons rendimentos e desempenho simultaneamente. Especialmente, ele tem boa sensibilidade para detectar SVs, mesmo com dados de sequenciamento de baixa cobertura, e também tem um excelente desempenho de dimensionamento, que é adequado para lidar com muitos grandes conjuntos de dados. Acreditamos que o cuteSV tem potencial para estudos de genômica de ponta.


    Dados estendidos Figura 1 Em vitro e na Vivo caracterização da linha celular iPS humana 7889SA de tipo selvagem.

    uma, Coloração por imunofluorescência de marcadores de células-tronco pluripotentes. b, as células iPS possuem um cariótipo masculino humano normal. c, Análise da expressão de nanoestring de genes de células-tronco pluripotentes em células iPS reprogramadas em comparação com HUES9. d, Na Vivo diferenciação e análise de teratoma derivado de células iPS contendo tecidos de todas as camadas de células germinativas. Barras de escala, 100 μm.

    Dados estendidos Figura 2 Mutações de bloqueio de CRISPR / Cas aumentam a precisão de HDR evitando a reedição, são incorporadas em várias rodadas de reedição e também podem ser aplicadas à edição sem cicatrizes usando CORRETO.

    uma, b, O HDR lê cinco modelos não agrupados contendo mutações de controle patogênicas e CRISPR / Cas bloqueadoras ou não bloqueadoras pretendidas. Porcentagens de HDR preciso para leituras contendo mutações de bloqueio (B) ou controle (C) no APLICATIVO (uma) e PSEN1 (b) locus em células HEK293. Os valores representam a média ± s.e.m. (n = 3). ND, não detectado. ***P & lt 0,001, ** P & lt 0,01, ANOVA unilateral. c, d, Proporção de leituras de sequenciamento de próxima geração contendo eventos HDR putativos simples, duplos ou triplos (à esquerda) para APLICATIVO (c) e PSEN1 (d) Exemplos putativos de 'HDR duplo' das leituras mais frequentes que contêm uma mutação de controle de não bloqueio C com uma mutação B adicional de CRISPR / Cas-bloqueadora ou não contêm C e têm duas mutações de bloqueio de CRISPR / Cas diferentes (meio) . As leituras que contêm a mutação não bloqueadora (C +) são mais frequentemente reeditadas para incorporar uma mutação de bloqueio CRISPR / Cas ('HDR duplo') do que as leituras contendo uma mutação B bloqueadora em vez da mutação C não bloqueadora (C− ) Consulte a Fig. 1c para obter a legenda. Para facilitar a análise dos dados, todas as réplicas foram agrupadas para aumentar os números de leitura para eventos raros. e, f, Esquemas que representam os detalhes das duas abordagens CORRETAS testadas: na etapa 1 do novo guia (e), a mutação APP Swe foi introduzida juntamente com uma mutação alvo de RNA guia de bloqueio de CRISPR / Cas, que foi então removida novamente na etapa 2 usando um re-sgRNA específico para a sequência mutada e Cas9 de tipo selvagem. Na etapa 1 de re-Cas (f), a mutação APP A673T foi introduzida junto com uma mutação NGCG de alteração de PAM de bloqueio de CRISPR / Cas, que foi então removida na etapa 2 usando a variante VRER Cas9, que detecta especificamente o PAM NGCG. Escolhemos usar o APP-sgRNA12 muito ativo para testar CORRETO por re-Cas, que também foi usado na Fig. 3c e 3d para gerar linhas mutantes APP Swe. No entanto, como a mutação APP Swe está localizada na sequência alvo deste sgRNA, ela pode bloquear a reedição por CRISPR / Cas e, portanto, pode complicar a interpretação dos resultados. Portanto, decidimos inserir a mutação 49 protetora APP A673T, que está fora da sequência alvo. Em ambos os casos, as mutações de bloqueio foram removidas usando um modelo de reparo ssODN CORRETO, que restaurou a sequência original no local da mutação de bloqueio (que bloqueia o recorte adicional nesta etapa), mas manteve o APLICATIVO mutação. Observe que, devido à edição repetida, CORRECT pode aumentar a probabilidade de efeitos fora do alvo, mas presumivelmente não o número de locais fora do alvo potenciais, como o mesmo (para re-Cas) ou um guia muito semelhante (para re-guia) Os RNAs são usados ​​em ambas as etapas de edição.

    Dados estendidos Figura 3 Análise de indels induzidos por CRISPR / Cas9 em células iPS editadas por genes e células HEK293.

    uma, Plot que descreve a frequência de indels em cada posição em torno do locus alvo em todas as leituras de sequenciamento de próxima geração com eventos de edição da análise mostrada na Fig. 1. As inserções são plotadas no local onde começam, e as deleções são plotadas em toda a base excluída posições (topo). Histograma ilustrando a distribuição dos tamanhos indel (parte inferior). b, Posição de Indel (topo) e tamanho (fundo) de alelos contendo indel de clones de uma única célula analisados ​​em Dados Estendidos Fig. 4a, b.

    Dados estendidos Figura 4 Clones heterozigotos com HDR em um alelo quase sempre contêm indels no alelo não-HDR, e modelos de reparo de HDR de ssDNA ou dsDNA mais longos não influenciam as probabilidades de incorporação de mutação relacionadas à distância de corte para mutação.

    uma, Sanger sequenciando leituras de ambos APLICATIVO alelos de um clone de uma única célula com HDR mono-alélico (seta azul). O alelo não-HDR é alterado por NHEJ na sequência-alvo do RNA guia (seta laranja). b, Clones de célula única com HDR em um alelo são alterados principalmente por NHEJ no alelo não HDR (APLICATIVO, n = 26 PSEN1, n = 34). c, Esquema que descreve a geração de grandes modelos de reparo de HDR ssDNA e dsDNA para o PSEN1 locus (consulte Métodos para obter detalhes). d, A relação monotônica entre a incorporação de mutações pretendidas (M) por HDR e a distância de corte para mutação não é alterada pelo fornecimento de modelos de ssDNA e dsDNA mais longos (n = 2). A linha de tendência tracejada vermelha mostra o resultado da varredura de oligonucleotídeo de 100 nt previamente determinado (da Fig. 2d) para comparação.

    Dados estendidos Figura 5 Taxas de incorporação de mutação em várias distâncias de corte para mutação seguem o efeito de distância e modelos de reparo mistos como uma estratégia para gerar clones de célula única de células iPS heterozigotas.

    uma, b, Taxa de incorporação de APLICATIVO e PSEN1 mutações patogênicas no aumento da distância do local de corte direcionado por três pares distintos de sgRNA / ssODN são governadas pela distância. Taxas de incorporação (pontos sólidos representam a média ± s.e.m., observe que o s.e.m. é muito pequeno para ser visível, (n = 3)) correspondem quase exatamente às curvas para cada locus previamente determinado por varredura de oligonucleotídeo (linha de tendência tracejada ± s.d. de dados brutos da Fig. 2c, d). ***P & lt 0,001, ANOVA de um fator. c, d, Abordagem mista de edição ssODN no APLICATIVO locus com mutações de bloqueio em um (c) ou ambos (d) ssODNs (topo) quantificação de zigosidade de clones de célula única (d, canto inferior esquerdo) e taxas de incorporação de mutação B bloqueadora de CRISPR / Cas e mutação M patogênica determinada por análise de sequenciamento de próxima geração (d, canto inferior direito). Observe que para a abordagem M / B em c, ambos os oligonucleotídeos são incorporados em níveis iguais, uma vez que têm atividades de bloqueio semelhantes, enquanto que para a abordagem M + B / B em d, o M + B ssODN é preferencialmente incorporado, presumivelmente devido a um efeito de bloqueio sinérgico de M e B. Para a quantificação do clone na Fig. 3d, a taxa de clones de tipo selvagem não foi avaliada, porque a mutação silenciosa não introduziu um site de restrição. No entanto, dado o

    Taxas de incorporação de ssODN de 50% determinadas por sequenciamento profundo, cerca de 25% dos clones de HDR são previstos como do tipo selvagem. e, Abordagem de edição de ssODN mista no locus PSEN1 M146V (topo). Usando um sgRNA com a menor distância de corte para mutação possível (PSEN1-sgRNA5), dois ssODNs foram fornecidos, cada um contendo a mesma mutação B bloqueadora de CRISPR / Cas de alteração de PAM silenciosa, mas apenas um contendo a mutação patogênica M. Frequências de genótipos de mutação patogênica em clones de célula única com HDR bialélico de B (canto inferior esquerdo) e taxas de incorporação de CRISPR / Cas-bloqueio e mutações patogênicas por sequenciamento de próxima geração (canto inferior direito). Observe que, devido à distância de 9 bp ao local de clivagem, a incorporação de M é inferior a 50% (como esperado a partir do efeito de distância).

    Dados estendidos Figura 6 Caracterização de neurônios corticais derivados de células iPS.

    uma, b, Leituras de sequenciamento Sanger de linhas de células iPS editadas pelos genes APP Swe e PSEN1 M146V. ce, Coloração de imunofluorescência de marcadores para precursores neurais em DIV10 (c), neurônios corticais em DIV65 (d) e sinapses funcionais em DIV65 (e) Barras de escala 100 μm (c, d), 10 μm (e). f, Potenciais de ação evocados registrados em um neurônio fixado por corrente a -65 mV. g, Média (± s.e.m.) Potencial de membrana em repouso (Vdescanso), limite de potencial de ação e ultrapassagem do potencial de ação (DIV 71-85 n = 18). As propriedades do maior potencial de ação eliciado em cada célula foram medidas. h, O número médio de potenciais de ação evocados aumenta com o aumento da força do estímulo. eu, Atividade sináptica espontânea registrada em um neurônio fixado por voltagem a -70 mV. j, Média (± s.e.m.) de frequência e amplitude de correntes pós-sinápticas excitatórias espontâneas (sEPSCs) (DIV 71-85 n = 8).

    Dados estendidos Figura 7 Possível mecanismo subjacente ao efeito de distância para incorporação de mutação mediada por HDR com CRISPR / Cas9.

    CRISPR / Cas9 causa um DSB em um locus genômico, o que leva a deleções de tamanho variável ou ressecções de fita em diferentes células. Genomas com pequenas deleções ou ressecções são mais comuns do que grandes, o que se reflete na distribuição de bases deletadas após NHEJ (canto superior esquerdo). Durante HDR, apenas a parte do modelo de reparo que se sobrepõe a essa exclusão pode ser usada, o que resulta em menos incorporações de mutações mais distais ao local de clivagem (canto inferior esquerdo, dados agrupados para APLICATIVO e PSEN1 da Fig. 2d).

    Dados estendidos Figura 8 Pipeline de análise de dados de sequenciamento de última geração para HDR e detecção indel.

    uma, Para todos os experimentos de sequenciamento de próxima geração, as leituras de sequenciamento de próxima geração emparelhadas reversas e diretas brutas foram primeiro mescladas para obter leituras únicas de alta qualidade (ferramenta: PEAR), desmultiplexadas para separar as leituras de códigos de barras específicas do experimento (seqtk) e, em seguida, filtradas para remover leituras de baixa qualidade. b, Para experimentos usando oligonucleotídeos combinados contendo mutações de bloqueio de CRISPR / Cas (exibido na Fig. 1), as leituras foram separadas em tipo selvagem (WT) e leituras editadas, que foram então filtradas para incluir apenas leituras que incorporaram a mutação patogênica ( M +) (isto é, contendo uma mutação patogênica e bloqueadora de CRISPR / Cas). Para contabilizar vários eventos de HDR após a reedição, as leituras foram então separadas em 32 categorias exclusivas que cobrem todas as combinações possíveis de mutações de bloqueio de CRISPR / Cas. c, As leituras foram alinhadas (bwa mem) e HDR preciso (alinhamento perfeito) ou distribuição indel foi relatada (bam-readcount, R). Para análise em dados estendidos Fig. 2c, d, leituras que incorporaram múltiplas mutações de bloqueio de CRISPR / Cas foram analisadas separadamente. d, Para as análises de incorporação de mutação realizadas em todas as outras figuras, as leituras foram filtradas para a sequência esperada e contadas.


    Genótipo e variação [editar | editar fonte]

    o genótipo é a parte (sequência de DNA) da composição genética de uma célula e, portanto, de um organismo ou indivíduo, que determina uma característica específica (fenótipo) daquela célula / organismo / indivíduo. O genótipo é um dos três fatores que determinam o fenótipo, os outros dois sendo fatores epigenéticos herdados e fatores ambientais não herdados. Mutações de DNA que são adquiridas em vez de herdadas, como mutações de câncer, não fazem parte do genótipo do indivíduo, portanto, cientistas e médicos às vezes falam, por exemplo, sobre o tipo (geno) de um câncer específico, que é o genótipo da doença como distinto do doente.

    Um exemplo de como o genótipo determina uma característica é a cor das pétalas em uma ervilha. O genótipo de um organismo é o mapa herdado que carrega em seu código genético. A constituição genética de um organismo é conhecida como seu genótipo, como as letras Bb. (B - genótipo dominante eb - genótipo recessivo). Zigosidade é o grau de similaridade dos alelos de uma característica em um organismo.

    A maioria dos eucariotos tem dois conjuntos correspondentes de cromossomos, ou seja, são diplóides. Organismos diplóides têm os mesmos loci em cada um de seus dois conjuntos de cromossomos homólogos, exceto que as sequências nesses loci podem diferir entre os dois cromossomos em um par correspondente e que alguns cromossomos podem ser incompatíveis como parte de um sistema cromossômico de determinação sexual . Se os dois alelos de um organismo diplóide forem iguais, o organismo é homozigoto nesse locus. Se forem diferentes, o organismo é heterozigoto nesse locus. Se um alelo estiver ausente, ele é hemizigótico e, se ambos os alelos estiverem ausentes, ele é nulizigótico.

    A sequência de DNA de um gene geralmente varia de um indivíduo para outro. Essas variações são chamadas de alelos. Enquanto alguns genes têm apenas um alelo porque a variação é baixa, outros têm apenas um alelo porque o desvio desse alelo pode ser prejudicial ou fatal. Mas a maioria dos genes tem dois ou mais alelos. A frequência de diferentes alelos varia na população. Alguns genes podem ter dois alelos com distribuição igual. Para outros genes, um alelo pode ser comum e outro alelo pode ser raro. Às vezes, um alelo é uma variação causadora de doença, enquanto o outro alelo é saudável. Às vezes, as diferentes variações nos alelos não fazem nenhuma diferença na função do organismo. Em organismos diplóides, um alelo é herdado do progenitor masculino e o outro do progenitor feminino. Zigosidade é uma descrição de se esses dois alelos têm sequências de DNA idênticas ou diferentes. Em alguns casos, o termo "zigosidade" é usado no contexto de um único cromossomo.


    Tipos de gêmeos: vários tipos diferentes de gêmeos

    Gêmeos idênticos também são chamados de gêmeos monozigóticos ou gêmeos de um ovo. Eles são o resultado de um único óvulo, fertilizado por um único espermatozóide.

    Muito cedo no desenvolvimento, o ovo se divide, resultando em dois indivíduos com o mesmo DNA. Mesmo que pareçam idênticos, eles têm suas próprias características únicas. Isso se deve a várias condições de crescimento no útero.

    Cerca de 25 por cento de todos os gêmeos idênticos podem ser gêmeos espelho. Eles são um subconjunto de gêmeos idênticos e são gêmeos idênticos com características opostas. Esses espelhos são reflexos um do outro, o que significa que o lado esquerdo de um gêmeo coincide com o lado direito do outro gêmeo.

    Eles podem possuir impressões digitais correspondentes ou quase correspondentes e compartilhar o mesmo DNA. Órgãos e marcas de nascença podem ser colocados em lados opostos de seus corpos e um gêmeo pode ser destro, enquanto o outro é canhoto. Eles resultam de uma divisão tardia do ovo fertilizado.

    Existem alguns padrões de gêmeos idênticos que são extremamente raros: em casos extremamente raros, gêmeos que se originam de um ovo nasceram com sexos opostos. A probabilidade disso é extremamente pequena - múltiplos com gêneros diferentes são universalmente aceitos como uma base sólida para uma determinação clínica, de que múltiplos não derivam de um ovo.

    Gêmeos siameses

    Os gêmeos siameses também são chamados de gêmeos siameses. Gêmeos siameses são gêmeos idênticos cujos corpos são unidos no nascimento. Isso ocorre quando o óvulo fertilizado não consegue se separar completamente porque eles se partem muito tarde no desenvolvimento.A maioria dos gêmeos siameses também são gêmeos espelho.

    Existe um tipo de gêmeo siamês que às vezes é chamado de gêmeo parasita. A condição é chamada de perfusão arterial reversa gêmea (TRAP). Gêmeos parasitas se desenvolvem assimetricamente, com um gêmeo menor e menos formado dependente do gêmeo maior e mais forte.

    Uma variação da geminação parasitária é um feto em feto, onde uma massa de células formadas de forma anormal cresce dentro do corpo de seu gêmeo idêntico. Ele sobrevive durante a gravidez, e mesmo ocasionalmente após o nascimento, conectando-se diretamente ao suprimento de sangue do gêmeo hospedeiro.

    Gêmeos fraternos / gêmeos de dois ovos

    Os gêmeos fraternos também são chamados de gêmeos dizigóticos, gêmeos não idênticos ou gêmeos com duas pontas. Eles se desenvolvem a partir de dois óvulos diferentes, cada um é fertilizado por células de esperma separadas.

    Eles compartilham aproximadamente 50 por cento de seus genes, semelhantes a quaisquer outros irmãos nascidos em épocas diferentes, que têm a mesma mãe e pai biológicos. Isso significa que as chances de eles se parecerem são iguais às chances de qualquer outro irmão.

    Eles podem ser muito parecidos - ou podem ser muito diferentes. Gêmeos fraternos podem ser de gênero ou uma combinação de menino e menina.

    Existem alguns padrões de geminação que são extremamente raros. Em casos raros, os óvulos de uma mulher são fertilizados em momentos diferentes com duas ou mais relações sexuais. Isso é conhecido como superfetação e ocorre quando a mulher continua ovulando depois de engravidar.

    Também houve casos de gêmeos fraternos com pais diferentes. Isso ocorre quando uma mulher libera vários óvulos e tem relações sexuais com mais de um parceiro.

    Se um óvulo é fertilizado pelo esperma de um homem, e então outro óvulo é fertilizado pelo esperma de outro homem, o resultado são gêmeos fraternos com pais diferentes.

    Este fenômeno é denominado superfecundação heteropaterna e esses gêmeos fraternos são geneticamente meio-irmãos e compartilham aproximadamente 25 por cento de seu DNA.

    Gêmeos semi-idênticos

    Gêmeos semi-idênticos também são chamados de gêmeos de corpo polar ou gêmeos meio idênticos.

    Gêmeos semi-idênticos são tipos de gêmeos, que compartilham metade de seus genes em comum da mãe e a outra metade diferente de dois espermatozoides separados. Isso ocorre quando dois espermatozoides fertilizam um óvulo, que mais tarde se divide.

    Eles compartilham algumas características de gêmeos idênticos e algumas características de gêmeos fraternos. Esses gêmeos serão muito parecidos, mas não são 100% compatíveis com o DNA.

    Um embrião criado dessa forma geralmente não sobrevive, mas alguns casos são conhecidos.

    Gêmeos cromossômicos mistos

    Gêmeos cromossômicos mistos também são chamados de quimeras.

    Na biologia humana, uma quimera é um organismo com pelo menos dois tipos de células geneticamente distintos - ou, em outras palavras, alguém que pretende ser um gêmeo. Mas, enquanto no útero da mãe, dois óvulos fertilizados se fundem, tornando-se um feto que carrega dois códigos genéticos distintos - duas fitas separadas de DNA.

    Alguns indivíduos foram identificados como tendo mais de um tipo distinto de glóbulos vermelhos e nasceram indivíduos, tanto do sexo feminino quanto masculino.


    Informação sobre o autor

    Esses autores contribuíram igualmente: Mathias Girbig, Agata D. Misiaszek.

    Afiliações

    Laboratório Europeu de Biologia Molecular (EMBL), Unidade de Biologia Estrutural e Computacional, Heidelberg, Alemanha

    Mathias Girbig, Agata D. Misiaszek, Matthias K. Vorländer, Helga Grötsch, Florence Baudin e Christoph W. Müller

    Candidato ao grau de doutorado conjunto da EMBL e da Universidade de Heidelberg, Faculdade de Biociências, Heidelberg, Alemanha

    Mathias Girbig e Agata D. Misiaszek

    Laboratório Europeu de Biologia Molecular, Instituto Europeu de Bioinformática (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Reino Unido

    Aleix Lafita e Alex Bateman

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    Contribuições

    C.W.M. iniciou e supervisionou o projeto. M.G. iniciou o projeto realizou a preparação da grade EM, coleta e processamento de dados e construção do modelo e interpretou as estruturas. A.D.M. gerou linhas de células HEK293F via edição de genes mediada por CRISPR-Cas9 e proteínas purificadas e analisou mutações de Pol III. M.K.V. auxiliou na construção do modelo estrutural, interpretação das estruturas e assessoria para processamento de dados EM. A.L. e A.B. realizaram a análise filogenômica. F.B. fez os ensaios de extensão e clivagem de RNA. H.G. realizou trabalho de cultura de células e aconselhou e auxiliou na edição de genes mediada por CRISPR-Cas9 e purificação de proteínas. M.G., A.D.M. e C.W.M. escreveu o manuscrito com a contribuição de outros autores.

    Autor correspondente


    Referências

    Tannock, I.F., de Wit, R., Berry, W.R., Horti, J., Pluzanska, A., Chi, K.N. et al. Docetaxel mais prednisona ou mitoxantrona mais prednisona para câncer de próstata avançado. N. Engl. J. Med. 351, 1502–1512 (2004).

    de Bono, J. S., Oudard, S., Ozguroglu, M., Hansen, S., Machiels, J. P., Kocak, I. et al. Prednisona mais cabazitaxel ou mitoxantrona para câncer de próstata metastático resistente à castração que progride após o tratamento com docetaxel: um ensaio clínico randomizado aberto. Lanceta 376, 1147–1154 (2010).

    de Bono, J. S., Logothetis, C. J., Molina, A., Fizazi, K., North, S., Chu, L. et al. Abiraterona e aumento da sobrevida no câncer de próstata metastático. N. Engl. J. Med. 364, 1995–2005 (2011).

    Ryan, C. J., Smith, M. R., de Bono, J. S., Molina, A., Logothetis, C. J., de Souza, P. et al. Abiraterona no câncer de próstata metastático sem quimioterapia anterior. N. Engl. J. Med. 368, 138–148 (2013).

    Scher, H. I., Fizazi, K., Saad, F., Taplin, M. E., Sternberg, C. N., Miller, K. et al. Aumento da sobrevida com enzalutamida no câncer de próstata após quimioterapia. N. Engl. J. Med. 367, 1187–1197 (2012).

    Beer, T. M., Armstrong, A. J., Rathkopf, D. E., Loriot, Y., Sternberg, C. N., Higano, C. S. et al. Enzalutamida no câncer de próstata metastático antes da quimioterapia. N. Engl. J. Med. 371, 424–433 (2014).

    Parker, C., Nilsson, S., Heinrich, D., Helle, S. I., O’Sullivan, J. M., Fossa, S. D. et al. Rádio emissor alfa-223 e sobrevivência no câncer de próstata metastático. N. Engl. J. Med. 369, 213–223 (2013).

    Robinson, D., Van Allen, E.M., Wu, Y.M., Schultz, N., Lonigro, R.J., Mosquera, J.M. et al. Genômica clínica integrativa do câncer de próstata avançado. Célula 161, 1215–1228 (2015).

    Pritchard, C. C., Mateo, J., Walsh, M. F., De Sarkar, N., Abida, W., Beltran, H. et al. Mutações genéticas herdadas de reparo de DNA em homens com câncer de próstata metastático. N. Engl. J. Med. 375, 443–453 (2016).

    Abida, W., Armenia, J., Gopalan, A., Brennan, R., Walsh, M., Barron, D. et al. O perfil genômico prospectivo do câncer de próstata em todos os estados de doença revela alterações na linha germinativa e somáticas que podem afetar a tomada de decisão clínica. JCO Precis. Oncol. 2017, https://doi.org/10.1200/PO.17.00029 (2017).

    Abida, W., Cyrta, J., Heller, G., Prandi, D., Armenia, J., Coleman, I. et al. Correlatos genômicos do resultado clínico no câncer de próstata avançado. Proc. Natl Acad. Sci. EUA 116, 11428–11436 (2019).

    Rede de Pesquisa do Atlas do Genoma do Câncer. A taxonomia molecular do câncer de próstata primário. Célula 163, 1011–1025 (2015).

    Castro, E., Romero-Laorden, N., Del Pozo, A., Lozano, R., Medina, A., Puente, J. et al. PROREPAIR-B: um estudo de coorte prospectivo do impacto das mutações de reparo do DNA da linha germinativa nos resultados de pacientes com câncer de próstata metastático resistente à castração. J. Clin. Oncol. 37, 490–503 (2019).

    Armênia, J., Wankowicz, S.A.M., Liu, D., Gao, J., Kundra, R., Reznik, E. et al. A longa cauda dos condutores oncogênicos do câncer de próstata. Nat. Genet. 50, 645–651 (2018).

    Castro, E., Goh, C., Olmos, D., Saunders, E., Leongamornlert, D., Tymrakiewicz, M. et al. As mutações germinativas do BRCA estão associadas a um maior risco de envolvimento nodal, metástase à distância e resultados de sobrevida insatisfatórios no câncer de próstata. J. Clin. Oncol. 31, 1748–1757 (2013).

    Reimers, M.A., Yip, S.M., Zhang, L., Cieslik, M., Dhawan, M., Montgomery, B. et al. Resultados clínicos no câncer de próstata avançado mutante da quinase 12 dependente de ciclina. EUR. Urol. 77, 333–341 (2020).

    Antonarakis, E. S., Velho, P. I., Fu, W., Wang, H., Agarwal, N., Santos, V. S. et al. Câncer de próstata alterado por CDK12: características clínicas e resultados terapêuticos para terapias sistêmicas padrão, inibidores de poli (ADP-ribose) polimerase e inibidores de PD-1. JCO Precis. Oncol. 4, 370–381 (2020).

    Schweizer, M.T., Ha, G., Gulati, R., Brown, L.C., McKay, R.R., Dorff, T. et al. Câncer de próstata com mutação CDK12: resultados clínicos com terapias padrão e bloqueio de ponto de controle imunológico. JCO Precis. Oncol. 4, 382–392 (2020).

    de Bono, J., Mateo, J., Fizazi, K., Saad, F., Shore, N., Sandhu, S. et al. Olaparibe para câncer de próstata metastático resistente à castração. N. Engl. J. Med. 383, 891 (2020).

    de Bono, J. S., Fizazi, K., Saad, F., Shore, N., Sandhu, S. K., Mehra, N. et al. 847PDCentral, detecção prospectiva de mutações do gene de reparo de recombinação homóloga (HRRm) em tecido tumoral de & gt4000 homens com câncer de próstata resistente à castração metastático (mCRPC) triados para o estudo PROfound. Ann. Oncol. 30, v325 – v355 (2019).

    Abida, W., Cheng, M. L., Armenia, J., Middha, S., Autio, K. A., Vargas, H. A. et al. Análise da prevalência de instabilidade de microssatélites no câncer de próstata e resposta ao bloqueio do ponto de controle imunológico. JAMA Oncol. 5, 471–478 (2019).

    Jonsson, P., Bandlamudi, C., Cheng, M. L., Srinivasan, P., Chavan, S. S., Friedman, N. D. et al. A linhagem do tumor molda os fenótipos mediados por BRCA. Natureza 571, 576–579 (2019).

    Latham, A., Srinivasan, P., Kemel, Y., Shia, J., Bandlamudi, C., Mandelker, D. et al. A instabilidade de microssatélites está associada à presença de pan-câncer da síndrome de Lynch. J. Clin. Oncol. 37, 286–295 (2019).

    Mohler, J. L., Antonarakis, E. S., Armstrong, A. J., D’Amico, A. V., Davis, B. J., Dorff, T. et al. Câncer de próstata, versão 2.2019, diretrizes de prática clínica da NCCN em oncologia. J Natl Compr Canc Netw. 17, 479–505 (2019).

    Castro, E., Goh, C., Leongamornlert, D., Saunders, E., Tymrakiewicz, M., Dadaev, T. et al. Efeito das mutações do BRCA na recidiva metastática e na sobrevida específica da causa após o tratamento radical para câncer de próstata localizado. EUR. Urol. 68, 186–193 (2015).

    Carter, H. B., Helfand, B., Mamawala, M., Wu, Y., Landis, P., Yu, H. et al. Mutações na linha germinativa em ATM e BRCA1 / 2 estão associadas à reclassificação de grau em homens sob vigilância ativa para câncer de próstata. EUR. Urol. 75, 743–749 (2019).

    Annala, M., Vandekerkhove, G., Khalaf, D., Taavitsainen, S., Beja, K., Warner, E. W. et al. A genômica do DNA do tumor circulante se correlaciona com a resistência à abiraterona e enzalutamida no câncer de próstata. Cancer Discov. 8, 444–457 (2018).

    Vandekerkhove, G., Struss, W. J., Annala, M., Kallio, H. M. L., Khalaf, D., Warner, E. W. et al. Abundância de DNA tumoral circulante e utilidade potencial no câncer de próstata metastático de novo. EUR. Urol. 75, 667–675 (2019).

    Annala, M., Struss, W. J., Warner, E. W., Beja, K., Vandekerkhove, G., Wong, A. et al. Os resultados do tratamento e a perda de heterozigosidade do tumor no câncer de próstata deficiente no reparo do DNA da linha germinativa. EUR. Urol. 72, 34–42 (2017).

    Antonarakis, E. S., Lu, C., Luber, B., Liang, C., Wang, H., Chen, Y. et al. Mutações do gene de reparo de DNA da linha germinativa e resultados em homens com câncer de próstata metastático resistente à castração recebendo abiraterona e enzalutamida de primeira linha. EUR. Urol. 74, 218–225 (2018).

    Mateo, J., Cheng, H. H., Beltran, H., Dolling, D., Xu, W., Pritchard, C. C. et al. Resultado clínico de pacientes com câncer de próstata com mutações de reparo de DNA da linha germinativa: análise retrospectiva de um estudo internacional. EUR. Urol. 73, 687–693 (2018).

    Wu, Y. M., Cieslik, M., Lonigro, R. J., Vats, P., Reimers, M. A., Cao, X. et al. A inativação de CDK12 delineia uma classe imunogênica distinta de próstata avançada. Célula cancerosa 173, 1770–1782 (2018). e14.

    Nguyen, B., Mota, J. M., Nandakumar, S., Stopsack, K. H., Weg, E., Rathkopf, D. et al. A análise de pan-câncer de alterações de CDK12 identifica um subconjunto de cânceres de próstata com características genômicas e clínicas distintas. EUR. Urol. https://doi.org/10.1016/j.eururo.2020.03.024 (2020).

    Antonarakis, E. S., Shaukat, F., Isaacsson Velho, P., Kaur, H., Shenderov, E., Pardoll, D. M. et al. Características clínicas e resultados terapêuticos em homens com câncer de próstata avançado e mutações no gene de reparo de incompatibilidade de DNA. EUR. Urol. 75, 378–382 (2019).

    Ritch, E., Fu, S. Y. F., Herberts, C., Wang, G., Warner, E. W., Schonlau, E. et al. Identificação de hipermutação e reparo de incompatibilidade defeituosa em ctDNA de câncer de próstata metastático. Clin. Cancer Res. 26, 1114–1125 (2020).

    Rodrigues, D. N., Rescigno, P., Liu, D., Yuan, W., Carreira, S., Lambros, M. B. et al. Análises imunogenômicas associam alterações imunológicas com defeitos de reparo de incompatibilidade no câncer de próstata. J. Clin. Investir. 128, 5185 (2018).

    Byrski, T., Gronwald, J., Huzarski, T., Grzybowska, E., Budryk, M., Stawicka, M. et al. Taxas de resposta patológica completa em mulheres jovens com câncer de mama BRCA1-positivo após quimioterapia neoadjuvante. J. Clin. Oncol. 28, 375–379 (2010).

    von Minckwitz, G., Schneeweiss, A., Loibl, S., Salat, C., Denkert, C., Rezai, M. et al. Carboplatina neoadjuvante em pacientes com câncer de mama inicial triplo-negativo e HER2-positivo (GeparSixto GBG 66): um ensaio clínico randomizado de fase 2. Lancet Oncol. 15, 747–756 (2014).

    Yang, D., Khan, S., Sun, Y., Hess, K., Shmulevich, I., Sood, A. K. et al. Associação de mutações BRCA1 e BRCA2 com sobrevivência, sensibilidade à quimioterapia e fenótipo mutador de gene em pacientes com câncer de ovário. JAMA 306, 1557–1565 (2011).

    Sternberg, C. N., Petrylak, D. P., Sartor, O., Witjes, J. A., Demkow, T., Ferrero, J. M. et al. Estudo multinacional, duplo-cego, de fase III de prednisona e satraplatina ou placebo em pacientes com câncer de próstata refratário à castração que progride após quimioterapia anterior: o estudo SPARC. J. Clin. Oncol. 27, 5431–5438 (2009).

    Hager, S., Ackermann, C.J., Joerger, M., Gillessen, S. & amp Omlin, A. Anti-tumor activity of platinum components in advanced próstata cancer-a sistemática literatura review. Ann. Oncol. 27, 975–984 (2016).

    Cheng, H. H., Pritchard, C. C., Boyd, T., Nelson, P. S. & amp Montgomery, B. Bialelic inactivation of BRCA2 in platinum-sensitive metastatic castration-resistente prostate cancer. EUR. Urol. 69, 992–995 (2016).

    Pomerantz, M. M., Spisak, S., Jia, L., Cronin, A. M., Csabai, I., Ledet, E. et al. A associação entre as variantes do BRCA2 da linha germinativa e a sensibilidade à quimioterapia à base de platina entre homens com câncer de próstata metastático. Câncer 123, 3532–3539 (2017).

    Zafeiriou, Z., Bianchini, D., Chandler, R., Rescigno, P., Yuan, W., Carreira, S. et al. Análise genômica de três pacientes com câncer de próstata metastático com respostas excepcionais à carboplatina, indicando diferentes tipos de deficiência de reparo de DNA. EUR. Urol. 75, 184–192 (2019).

    Mota, J. M., Barnett, E., Nauseef, J. T., Nguyen, B., Stopsack, K. H., Wibmer, A. et al. Quimioterapia à base de platina no câncer de próstata metastático com alterações no gene de reparo de DNA. JCO Precis. Oncol. 4, 355–366 (2020).

    Ashworth, A. & amp Lord, C. J. Terapias letais sintéticas para o câncer: o que vem depois dos inibidores de PARP? Nat. Rev. Clin. Oncol. 15, 564–576 (2018).

    Murai, J., Huang, S. Y., Das, B. B., Renaud, A., Zhang, Y., Doroshow, J. H. et al. Trapping de PARP1 e PARP2 por inibidores clínicos de PARP. Cancer Res. 72, 5588–5599 (2012).

    Ledermann, J., Harter, P., Gourley, C., Friedlander, M., Vergote, I., Rustin, G. et al. Terapia de manutenção com olaparibe em pacientes com câncer de ovário seroso recidivante sensível à platina: uma análise retrospectiva pré-planejada de resultados por status de BRCA em um ensaio clínico randomizado de fase 2. Lancet Oncol. 15, 852–861 (2014).

    Fong, P. C., Boss, D. S., Yap, T. A., Tutt, A., Wu, P., Mergui-Roelvink, M. et al. Inibição da poli (ADP-ribose) polimerase em tumores de portadores da mutação BRCA. N. Engl. J. Med. 361, 123–134 (2009).

    Sandhu, S. K., Omlin, A., Hylands, L., Miranda, S., Barber, L. J., Riisnaes, R. et al. Inibidores da poli (ADP-ribose) polimerase (PARP) para o tratamento do câncer de próstata mutante BRCA2 da linha germinativa avançado. Ann. Oncol. 24, 1416–1418 (2013).

    de Bono, J., Ramanathan, R.K., Mina, L., Chugh, R., Glaspy, J., Rafii, S. et al. Fase I, escalonamento de dose, ensaio de duas partes do inibidor PARP talazoparibe em pacientes com mutações BRCA1 / 2 da linha germinativa avançada e cânceres esporádicos selecionados. Cancer Discov. 7, 620–629 (2017).

    Sandhu, S. K., Schelman, W. R., Wilding, G., Moreno, V., Baird, R. D., Miranda, S. et al. O inibidor da poli (ADP-ribose) polimerase niraparibe (MK4827) em portadores da mutação BRCA e pacientes com câncer esporádico: um ensaio de fase 1 de escalonamento de dose. Lancet Oncol. 14, 882–892 (2013).

    Mateo, J., Carreira, S., Sandhu, S., Miranda, S., Mossop, H., Perez-Lopez, R. et al. Defeitos de reparo de DNA e olaparibe no câncer de próstata metastático. N. Engl. J. Med. 373, 1697–1708 (2015).

    Mateo, J., Porta, N., Bianchini, D., McGovern, U., Elliott, T., Jones, R. et al. Olaparibe em pacientes com câncer de próstata metastático resistente à castração com aberrações do gene de reparo de DNA (TOPARP-B): um estudo multicêntrico, aberto, randomizado, de fase 2. Lancet Oncol. 21, 162–174 (2020).

    Hussain, M., Mateo, J., Fizazi, K., Saad, F., Shore, N., Sandhu, S. et al. para os investigadores do ensaio PROfound. Sobrevivência com Olaparibe no Câncer de Próstata Resistente à Castração Metastática. N Engl J Med. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2022485 2020. Online antes da impressão.

    Abida, W., Campbell, D., Patnaik, A., Shapiro, J. D., Sautois, B., Vogelzang, N. J. et al. Rucaparibe em homens com câncer de próstata metastático resistente à castração com alteração no gene BRCA1 ou BRCA2. J Clin Oncol. https://doi.org/10.1200/JCO.20.01035, JCO2001035 (2020).

    Smith, M. R., Sandhu, S. K., Kelly, W. K., Scher, H. I., Efstathiou, E., Lara, P. N. et al. Análise intermediária especificada por LBA50 de GALAHAD: um estudo de fase II de niraparibe em pacientes (pts) com câncer de próstata metastático resistente à castração (mCRPC) e defeitos no gene de reparo de DNA bialélico (DRD). Ann. Oncol. 30, v851 – v934 (2019).

    Abida, W., Campbell, D., Patnaik, A., Shapiro, J. D., Sautois, B., Vogelzang, N. J. et al.Alterações no gene de reparo de danos ao DNA não BRCA e resposta ao inibidor de PARP rucaparibe em câncer de próstata metastático resistente à castração: análise do estudo de fase 2 TRITON2. Clin Cancer Res. 26, 2487–2496 (2020).

    Marshall, C.H., Sokolova, A.O., McNatty, A.L., Cheng, H.H., Eisenberger, M.A., Bryce, A.H. et al. Resposta diferencial ao tratamento com olaparibe entre homens com câncer de próstata metastático resistente à castração com mutações BRCA1 ou BRCA2 versus ATM. EUR. Urol. 76, 452–458 (2019).

    Polkinghorn, W. R., Parker, J. S., Lee, M. X., Kass, E. M., Spratt, D. E., Iaquinta, P. J. et al. A sinalização do receptor de andrógeno regula o reparo do DNA no câncer de próstata. Cancer Discov. 3, 1245–1253 (2013).

    Goodwin, J. F., Schiewer, M. J., Dean, J. L., Schrecengost, R. S., de Leeuw, R., Han, S. et al. Um circuito de reparo hormônio-DNA governa a resposta ao insulto genotóxico. Cancer Discov. 3, 1254–1271 (2013).

    Asim, M., Tarish, F., Zecchini, H. I., Sanjiv, K., Gelali, E., Massie, C. E. et al. Letalidade sintética entre a sinalização do receptor de andrógeno e a via PARP no câncer de próstata. Nat. Comum. 8, 374 (2017).

    Schiewer, M.J., Goodwin, J.F., Han, S., Brenner, J.C., Augello, M.A., Dean, J.L. et al. As funções duplas do PARP-1 promovem o crescimento e a progressão do câncer. Cancer Discov. 2, 1134–1149 (2012).

    Clarke, N., Wiechno, P., Alekseev, B., Sala, N., Jones, R., Kocak, I. et al. Olaparibe combinado com abiraterona em pacientes com câncer de próstata metastático resistente à castração: um estudo de fase 2 randomizado, duplo-cego, controlado por placebo. Lancet Oncol. 19, 975–986 (2018).

    Harper, J. W. & amp Elledge, S. J. The DNA damage response: dez anos depois. Mol. Célula 28, 739–745 (2007).

    Rafiei, S., Fitzpatrick, K., Liu, D., Cai, M. Y., Elmarakeby, H. A., Park, J. et al. A perda de ATM confere maior sensibilidade à inibição de ATR do que a inibição de PARP no câncer de próstata. Cancer Res. 80, 2094–2100 (2020).

    Jin, M. H. & amp Oh, D. Y. ATM in DNA repair in cancer. Pharm. Ther. 203, 107391 (2019).

    Mei, L., Zhang, J., He, K. & amp Zhang, J. Ataxia telangiectasia and Rad3-related inibidores e terapia do câncer: onde estamos. J. Hematol. Oncol. 12, 43 (2019).

    Sokol, E. S., Pavlick, D., Frampton, G. M., Ross, J. S., Miller, V. A., Ali, S. M. et al. Análise de pan-câncer de alterações de perda de função de CDK12 e sua associação com o fenótipo duplicador em tandem focal. Oncologista 24, 1526–1533 (2019).

    Antonarakis, E.S. Cyclin-dependente Kinase 12, immunity, and prostate cancer. N. Engl. J. Med. 379, 1087–1089 (2018).

    Le, D. T., Durham, J. N., Smith, K. N., Wang, H., Bartlett, B. R., Aulakh, L. K. et al. A deficiência de reparo de incompatibilidade prediz a resposta de tumores sólidos ao bloqueio de PD-1. Ciência 357, 409–413 (2017).

    Antonarakis, E. S., Piulats, J. M., Gross-Goupil, M., Goh, J., Ojamaa, K., Hoimes, C. J. et al. Pembrolizumabe para câncer de próstata metastático resistente à castração refratário ao tratamento: multicoorte, estudo aberto de fase II KEYNOTE-199. J. Clin. Oncol. JCO1901638 (2019).

    Mohler, J. L., Antonarakis, E. S., Armstrong, A. J., D’Amico, A. V., Davis, B. J., Dorff, T. et al. Câncer de próstata, versão 2.2019, diretrizes de prática clínica da NCCN em oncologia. J. Natl Compr. Canc Netw. 17, 479–505 (2019).

    Gillessen, S., Attard, G., Beer, T. M., Beltran, H., Bjartell, A., Bossi, A. et al. Manejo de pacientes com câncer de próstata avançado: relatório da conferência de consenso de câncer de próstata avançado de 2019. EUR. Urol. 77, 508–547 (2020).

    Oliva, L., Lozano, R., Llacer, C., Aragon, I., Pajares, B. I., Saez, M. I. et al. As ferramentas de previsão de risco disponíveis para mutações BRCA1 / 2 da linha germinativa têm baixo desempenho em pacientes com câncer de próstata. EUR. Urol. Oncol. https://doi.org/10.1016/j.euo.2019.06.019 (2019).

    Hoppe, M. M., Sundar, R., Tan, D. S. P. & amp Jeyasekharan, A. D. Biomarkers for homólogo recombination deficiency in cancer. J. Natl Cancer Inst. 110, 704–713 (2018).

    Redon, C.E., Nakamura, A.J., Zhang, Y. W., Ji, J.J., Bonner, W.M., Kinders, R.J. et al. Histona gamaH2AX e poli (ADP-ribose) como biomarcadores farmacodinâmicos clínicos. Clin. Cancer Res. 16, 4532–4542 (2010).

    Castroviejo-Bermejo, M., Cruz, C., Llop-Guevara, A., Gutierrez-Enriquez S., Ducy M., Ibrahim, Y. H. et al. Um ensaio RAD51 viável em amostras de tumor de rotina chama a resposta do inibidor PARP além da mutação BRCA. EMBO Mol. Med. 10, e9172 (2018).

    Quigley, D., Alumkal, J. J., Wyatt, A. W., Kothari, V., Foye, A., Lloyd, P. et al. A análise do DNA livre de células circulantes identifica a heterogeneidade multiclonal das mutações de reversão BRCA2 associadas à resistência aos inibidores de PARP. Cancer Discov. 7, 999–1005 (2017).

    Goodall, J., Mateo, J., Yuan, W., Mossop, H., Porta, N., Miranda, S. et al. DNA livre de células circulantes para orientar o tratamento do câncer de próstata com inibição de PARP. Cancer Discov. 7, 1006–1017 (2017).

    Lindahl, T. Instabilidade e decadência da estrutura primária do DNA. Natureza 362, 709–715 (1993).

    Lindahl, T. & amp Wood, R. D. Controle de qualidade por reparo de DNA. Ciência 286, 1897–1905 (1999).

    Harper, J. W. & amp Elledge, S. J. The DNA damage response: dez anos depois. Mol. Célula 28, 739–745 (2007).

    Caldecott, K. W. Single-strand break repair and genetic disease. Nat. Rev. Genet. 9, 619–631 (2008).

    Hanawalt, P. C. Subpathways of nucleotide excision repair and their Regulation. Oncogene 21, 8949–8956 (2002).

    Li, G. M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).

    Prakash, R., Zhang, Y., Feng, W. & amp Jasin, M. Homologous recombination and human health: the roles of BRCA1, BRCA2, and associated protein. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 7, a016600 (2015).

    Ceccaldi, R., Sarangi, P. & amp D’Andrea, A. D. A via da anemia de Fanconi: novos jogadores e novas funções. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 17, 337–349 (2016).

    Deriano, L. & amp Roth, D. B. Modernizando o repertório não homólogo de junção de extremidades: alternativa e clássica NHEJ dividem o palco. Annu. Rev. Genet. 47, 433–455 (2013).


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