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Determinar se uma prolina específica é cis ou trans na proteína?

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Embora as ligações peptídicas geralmente adotem o trans conformação, ligações peptídicas à prolina podem existir em qualquer cis ou trans conformação. A isomerização entre cis e trans é lento e mostrou ser a etapa limitante da taxa no dobramento de certas proteínas.

Que métodos podem ser usados ​​para determinar a conformação de uma prolina específica em uma proteína?


Sarkar et al., (2007) Proline cis-trans Isomerization Controls Autoinhibition of a Signaling Protein. Molecular Cell 25, 413-426 (DOI 10.1016 / j.molcel.2007.01.004), disponível aqui.

Os autores relatam as interações entre dois domínios SH3 da proteína adaptadora Crk. Basicamente, eles descobrem que o linker que amarra esses dois domínios contém uma prolina que se interconverte entre os cis e trans conformações, e que esta interconversão determina a interação entre os dois domínios. Eles seguem a isomerização usando NMR.

Cis-trans A isomerização de peptidil-prolil é uma mudança sutil, e não acho que você encontrará uma maneira de segui-la em uma proteína específica que seja mais simples do que essa, infelizmente.


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